RNAseq DNA evolution velvet 基因组 sequence RNA 转录组 linux genome reads 进化 mRNA 测序 ncRNA R 碱基 assembly perl fasta
生物信息学工具使用的经验之谈

生物信息学工具使用的经验之谈

2012年01月16日 ⁄ Bioinformatics

荣耀归于上帝，版权归于bbsunchen。本文部分翻译自Bioinformatics.For.Dummies的第14章，加入作者经验，改动较大，不喜误入。 我从未给别人世界末日的感觉，我告诉他们真想，他们认为那就是世界末日。--Harry S.Truman(1884-1972) 有时候，我们在Internet上运行生物信息学程序时，会幻想这种情景：我们可以随意运行我们想要运行的程序，不需...

Quake的安装方法

Quake的安装方法

2012年01月13日 ⁄ Genomics

目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多，如SOAP的correction、Quake等，目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法 安装 Quake在使用中需要一些额外的第三方软件的支持。 1.JELLYFISH的安装 #下载 wget http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/jellyfish-1.1.3.tar.gz ./ #解压 tar zxvf jellyfish-1.1.3.t...

Small RNA测序

Small RNA测序相关问题集锦

2012年01月11日 ⁄ ncRNA

Small RNA是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。Small RNA通过多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，来调控生物体的生长发育和疾病发生。Small RNA转录组测序是鉴定和定量解析small RNA的新方法和有力工具。 Roche GS FLX Titani...

FastQ数据质量值转换

FastQ数据质量值转换

2012年01月10日 ⁄ Script

不同的平台测出来的数据采用的质量编码格式一般会有差异。关于FastQ的格式介绍可以阅读《FastQ格式介绍》 譬如sanger的编码采用的是质量值+33，而Soleax采用的是质量值+64。有时候由于特殊情况需要转换一下编码格式，用perl写有点麻烦而且运行速度也不咋地。下面给大家推荐一款我自己用c++写的程序。 在该程序的第58行，readqual[i]=readqual...

转录组测序

转录组测序问题集锦

2012年01月10日 ⁄ Transcriptomics

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合，转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Titanium 、Illumina Solexa GA IIx和AB SOLID 4均可以对转录组进行测序， Roche GS FLX Titanium与Illumina Solexa GA IIx和AB SOLID 4相比，拥有更长的读...

表观遗传学：达尔文进化论的重要补充

2012年01月04日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 34 views+
表观遗传学
孩子维特式的多愁善感，可能缠绕他今后的一生；瘾君子吸毒之后生出的婴儿，长大后也有步父母后尘的可能；甚至不经意的一些习...
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    Quake的安装方法

    2012年01月13日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 14 views+
    Quake的安装方法
    目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多，如SOAP的correction、Quake等，目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍qu...
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    生物信息学工具使用的经验之谈

    2012年01月16日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 44 views+
    生物信息学工具使用的经验之谈
    荣耀归于上帝，版权归于bbsunchen。本文部分翻译自Bioinformatics.For.Dummies的第14章，加入作者经验，改动较大，不喜误入。...
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    DNA分子进化及其理论基础

    2011年12月18日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 30 views+
    13-probingquest
    从19世纪60年代起，许多生物学家便开始着手重建地球上所有生命的进化历史，并以系统树的形式描述这部历史。传统上，构建系统...
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    FastQ数据质量值转换

    2012年01月10日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 30 views+
    FastQ数据质量值转换
    不同的平台测出来的数据采用的质量编码格式一般会有差异。关于FastQ的格式介绍可以阅读《FastQ格式介绍》 譬如sanger的编码采...
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    新物种形成—秘中之秘

    2012年01月03日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 21 views+
    三棘刺鱼（Gasterosteus aculeatus aculeatus）
    自达尔文提出演化概念已超过150 年，纵使仍有许多人质疑演化理论，演化生物学家对新种形成的热烈研究：生殖隔离、 突变、新综...
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    转录组测序问题集锦

    2012年01月10日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 36 views+
    转录组测序
    转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合，转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录...
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    荧光定量PCR

    2012年01月09日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 5 views+
    实时荧光定量PCR
    一．荧光PCR原理 1．荧光共振能量传递 (FRET) 某荧光标记基团在激发光刺激下生成某波长的发射光，当另一屏蔽基团与其距离合适...
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    Small RNA测序相关问题集锦

    2012年01月11日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 23 views+
    Small RNA测序
    Small RNA是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。...
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    DNA第7种和第8种碱基

    2012年01月08日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 11 views+
    DNA第7种和第8种碱基
    据美国每日科学网站7月22日（北京时间）报道，美国科学家在7月21日出版的《科学》杂志上撰文指出，他们找到了DNA的第7种、第8...
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