mRNA perl assembly 测序 基因组 R evolution ncRNA 转录组 进化 newbler RNAseq 454 RNA linux sequence sequencing genome 拼接 reads
archie2

进化理论及其发展

2012年05月19日 ⁄ Evolution

1、拉马克与进化论 "Do we not therefore perceive that by the action of the laws of organization . . . nature has in favorable times, places, and climates multiplied her first germs of animality, given place to developments of their organizations, . . . and increased and diversified their organs? Then. . . aided by mu...

趋同进化，趋异进化，协同进化

趋同进化，趋异进化，协同进化

2012年05月19日 ⁄ Glossary

1 . 趋同进化 “趋同”即殊途同归的意思。它是指亲缘关系较远的生物，由于生活环境、生活方式相似而在长期的适应过程中所形成的体形或器官等异常相似的 现象。它是不同生物在相同环境条件下得到相同选择的结果。例如：空中的鸟类与蝙蝠，海中的鲨鱼与鲸鱼，它们的体形都表现出明显的相似．，但在亲缘关系上却 分别隶属于不同的纲。又例如，仙人...

Directed-Evolution

如何在分子水平检测正选择

2012年05月19日 ⁄ Evolution

以下是杨子恒写于2000年的综述，转摘自集百家（http://www.dxyer.cn/tzeng/）。文中标{}的是原文中的英文词。恐翻译有差故而注出；标[]的是原文中参考文献的标号；标<>的是在翻译时加的说明。 Ziheng Yang ＆ Joseph P. Bielawski (2000) Statistical methods for detecting molecular adaptation. Trends in Ecol. Biol. 15(12):496-5...

pacbio测序数据

三代测序数据pacbio数据处理

2012年05月12日 ⁄ Bioinformatics

三代测序仪现在逐步投入正式使用之中，目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长，最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp，平均长度4033bp。虽然reads读长比较长，但是可靠性比较低，因此不能向一代、二代数据那样直接用于基因组拼接等。因而在使用之前我们需要利用一些来自454，illu...

Running newbler: more de novo assembly parameters

Running newbler: more de novo

2012年03月31日 ⁄ Genomics

There is a long list of options/flags/parameters for a newbler assembly, some of which have been treated in the previous post. In this post I will describe some more parameters. At the end, as a bonus, I will share a parameter that is not mentioned in the current documentation… -ss -sl -sc -ais -ads These parameters...

表观遗传学：达尔文进化论的重要补充

2012年01月04日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 193 views+
表观遗传学
孩子维特式的多愁善感，可能缠绕他今后的一生；瘾君子吸毒之后生出的婴儿，长大后也有步父母后尘的可能；甚至不经意的一些习...
01/03
  • 揭开帝王斑蝶迁徙的神秘面纱
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  • 地球上到底有多少生物?
    • 01/01
  • 科学追求的事实和谬论(Facts and Falla
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  • 基因组测序永无止境的根本原因
    • 分类: Popular Science 共有21篇 更 多

    Running newbler: more de novo assembly

    2012年03月31日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 144 views+
    Running newbler: more de novo assembly parameters
    There is a long list of options/flags/parameters for a newbler assembly, some of which have been treated in the previ...
    03/31
  • Newbler output VI: the ‘status’ f
    • 03/31
  • Newbler output V: the 454ContigSca
    • 03/31
  • Newbler output IV: on ultra-short a
    • 03/30
  • Newbler output II: contigs and scaf
    • 分类: Genomics 共有49篇 更 多

    三代测序数据pacbio数据处理

    2012年05月12日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 78 views+
    pacbio测序数据
    三代测序仪现在逐步投入正式使用之中，目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长，最近我开展的一个...
    03/31
  • Running newbler: de novo assembly
    • 03/30
  • Newbler output I: the 454NewblerMe
    • 03/24
  • 原核生物转录组研究方法
    • 03/24
  • 以RNA为测序模板的新技术:FRT-seq
    • 分类: Bioinformatics 共有50篇 更 多

    进化理论及其发展

    2012年05月19日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 2 views+
    archie2
    1、拉马克与进化论 "Do we not therefore perceive that by the action of the laws of organization . . . nature has in fa...
    05/19
  • 如何在分子水平检测正选择
    • 12/18
  • DNA分子进化及其理论基础
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  • phylip安装与使用方法介绍
    • 12/15
  • 用RAxML构建极大似然进化树
    • 分类: Evolution 共有7篇 更 多

    Perl常见特殊变量

    2012年02月21日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 165 views+
    perl
    1. $_ $ARG，常常是一个默认变量   2. @_ @ARG，子例程参数表   3. {row.content} $PROGRAM_NAME，本程序的名字 &n...
    02/16
  • 在R语言绘图中标注带参数的公式
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  • 推荐一个利用R语言画图的网站
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  • 各种实现隐马尔可夫模型（HMM）的平台
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  • FastQ数据质量值转换
    • 分类: Script 共有32篇 更 多

    新物种形成—秘中之秘

    2012年01月03日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 115 views+
    三棘刺鱼（Gasterosteus aculeatus aculeatus）
    自达尔文提出演化概念已超过150 年，纵使仍有许多人质疑演化理论，演化生物学家对新种形成的热烈研究：生殖隔离、 突变、新综...
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  • 遗传密码的新排列和起源探讨
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  • 基因芯片数据分析中的标准化算法和聚类算
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  • 生物细胞非编码 RNA 的调控
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  • 批量鉴定蛋白的结构域的平台介绍
    • 分类: Reviews 共有8篇 更 多

    Running newbler: de novo transcriptome

    2012年03月30日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 83 views+
    transcriptome assembly
    Since version 2.3, newbler has a -cdna option for de novo transcriptome assembly. In this post, I’ll explain the prin...
    01/10
  • 转录组测序问题集锦
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  • ChIP-Seq分析常见问题集锦
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  • ChIP-Seq测序深度如何选择？
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  • Sashimi-plot:isoform表达画图工具
    • 分类: Transcriptomics 共有11篇 更 多

    趋同进化，趋异进化，协同进化

    2012年05月19日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 2 views+
    趋同进化，趋异进化，协同进化
    1 . 趋同进化 “趋同”即殊途同归的意思。它是指亲缘关系较远的生物，由于生活环境、生活方式相似而在长期的适应过程中所形成的...
    03/24
  • Q-PCR(Real-time PCR)
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  • DNA甲基化
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  • SMART技术介绍
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  • 荧光定量PCR
    • 分类: Glossary 共有31篇 更 多

    Small RNA测序相关问题集锦

    2012年01月11日 ⁄ 暂无评论 ⁄ 被围观 210 views+
    Small RNA测序
    Small RNA是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。...
    12/18
  • microRNA相关的数据库与预测、功能分析
    • 12/15
  • 常见非编RNA介绍
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  • miRNEST：动植物中miRNA数据库
    • 11/28
  • 小分子 microRNA 及其生物学特征
    • 分类: ncRNA 共有7篇 更 多

    各种高通量测序仪比较

    2012年03月16日 ⁄ 评论数 2 ⁄ 被围观 316 views+
    各种高通量测序仪的通量、读长及运行成本
    高通量测序技术发展的真是快啊，454最近发布的GS FLX Titanium XL+系统的测序长度已经可达700～1000bp了！！通量700M，运行时...
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  • 大肠杆菌小RNA与RNA分子伴侣协同作
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