Genomics

单细胞测序方法比较

2016年06月16日 ⁄ 共 2493字 暂无评论 ⁄ 阅读 438 次
文章目录 导读 Smart-seq CEL-seq SCRB-seq DROP-seq和inDROP 导读 在单细胞研究的大潮中,新的测序方法层出不穷。不过,很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队,在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一些常用的单细胞测序方法,包括Smart-seq、CEL-seq、SCRB-seq和Drop-seq。 Smart-seq SMART(Switching mechanism at 5’ ...
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Transcriptomics

详细讲解NA-Seq基因表达水平衡量方法:RPKM, FPKM and TPM

2016年04月25日 ⁄ 共 2655字 暂无评论 ⁄ 阅读 1,405 次
小编注:近年来RNA-Seq被广泛应用,衡量基因表达水平的方法也开始多样化,例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。那他们之间有什么样的区别、以及怎样换算呢。之前PLoB上分享了一篇关于这方面介绍的文章《RNA-Seq基因表达水平衡量方法》,主要侧重于公式计算,今天这里再与大家分享一篇,另外一篇文章。 It used to be when you did RNA-seq, you reported your results in RPKM (Reads Per Kilobase Million) or FPKM (Fragments Per K...
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Genomics

DISCOVAR的使用

08月06日 暂无评论 ⁄ 阅读 981 次
1. DISCOVAR简介 DISCOVAR 是有 ALLPATHS-LG 软件开发团队做出来的软件。主要用于利用 PE 250bp 数据与参考基因组的比对结果...
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Popular Science

基因投错票,导致肿瘤

04月18日 评论 2 条 ⁄ 阅读 853 次
说起肿瘤,大家都知道肿瘤是一种致命的疾病,是失控的细胞异常增生。同时大家又对肿瘤有许多的神秘感。 今天,我就用一种新的...
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Bioinformatics

使用和解释P值的“六原则”

03月26日 暂无评论 ⁄ 阅读 2,544 次
2014年2月,美国曼荷莲学院(Mount Holyoke College)数学与统计学教授George Cobb在美国统计学会(American Statistical Ass...
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Evolution

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

07月10日 暂无评论 ⁄ 阅读 790 次
【絮语】 在进行系统发育分析过程中,建树序列的进化模型选择是至关重要的一步,尤其对进化模型敏感的ML法和BI法,更是重中之...
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Script

ggplot2 - 二维数据密度图

04月29日 暂无评论 ⁄ 阅读 1,540 次
地理课上,我们经常会看到等高线。在ggplot2中,也有实现一个和等高线差不多的利器 stat_density2d() 看个例子先 # The ba...
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Transcriptomics

RNA-Seq基因表达水平衡量方法

02月12日 评论数 2 ⁄ 阅读 3,295 次
文章目录 Effective counts Counts per million TPM RPKM/FPKM Relationship between ...
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Reviews

我们细胞核中的DNA都有用吗

12月25日 评论数 1 ⁄ 阅读 1,025 次
作者:牛登科  北京师范大学 教授 实验室网站(http://cmb.bnu.edu.cn/teachers/niudk.htm) 历史回顾 DNA是遗传物质,遗传物...
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Glossary

二代测序中barcodes index的介绍

11月09日 评论数 2 ⁄ 阅读 6,533 次
刚接触高通量测序的同学,可能会接触到barcode index等名词。 为什么要有barcodes ? 原因很简单,一个lane有效数据30来G 我...
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ncRNA

盘点癌症中的microRNA

02月22日 评论数 1 ⁄ 阅读 815 次
microRNA是癌症个性化医疗的希望,人们一直希望能够解析它们的确切作用机理,并将其应用于临床。然而事实证明,这是一项充满...
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Advance

个体重测序揭示籼稻品种RGD-7S和Taifeng B的D

02月02日 评论数 1 ⁄ 阅读 126 次
广东省农科院研究人员携手千年基因,揭示水稻品种RGD-7S和Taifeng B的杂交后代F1在种植早、晚期先后出现杂交劣势和杂交优势的...
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