如何按照热图中的顺序输出表达量文件

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所属分类:Transcriptomics

大家在用热图软件,例如,pheatmap绘制热图的之后,经常要面临一个问题就是:

图是画出来了,但如果想从图对应到基因,并查询对应基因的表达量就非常麻烦。因为热图聚类功能会打乱样本和基因的顺序,原来的表达量总表已经发生了变化,查询起来就非常麻烦。

尤其当热图中的基因和样本数非常巨大的时候,我们根本看不清热图中的每个格子,再要直接对应回原表格就更加困难。

例如,下图的热图是样本和基因都进行了聚类。

如何按照热图中的顺序输出表达量文件

但原绘图文件是这样的,顺序和热图不同。

如何按照热图中的顺序输出表达量文件

针对这个问题,我们使用R脚本可以轻松解决。以下的R脚本就可以实现输出重排后(与热图保持一致)的表达量表。

重排后的文件这个样子,将和热图顺序保持一致。

如何按照热图中的顺序输出表达量文件

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