gggenes是ggplot2的扩展包，用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。https://wilkox.org/gggenes/ 安装 一种是安装稳定版本的gggene instal...
gggenes绘制多物种基因结构比较
阅读全文
本地安装UCSC基因组浏览器
CSC基因组浏览器在大规模高通量数据的可视化和比较分析研究中发挥着重要的作用。拥有了本地浏览器，就可以对自己的测序数据进行更深入的分析和共享使用。本文详细介绍了如何一步步在本地安装、配置、高级使用UC...
人类基因组的Phasing原理是什么？
什么是Phasing？ Phasing，或者说Genotype Phasing，它的中文名有很多：基因定相、基因分型、单倍体分型、单倍体构建等在不同的语境下都有人说过。但不管如何，所谓Phasing就...
Seq logo 在线绘制工具——Weblogo
seqlogo图可以直观清晰的反应序列偏好特征，每个位置出现的碱基或氨基酸类型反映了该位置序列的偏好性，每个字母的大小与该碱基在该位置上的出现频率成正相关。这种表现方式对研究转录因子结合、RNA修饰等...
GATK4基本概念整理
GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的snp calling 软件之一。GATK 设计之初是用于分析人类的全外...
如何挑选宏基因组样本
在做完16S、18S或ITS等微生物多样性研究后，我们常常还会想进一步了解微生物群落的功能。通常情况下，会采用宏基因组、宏转录组或宏代谢组等方法深入分析，但相对于扩增子测序，宏基因组等测序手段的价格还...
SMRT Analysis软件安装
pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来，做成了一个在线的分析软件，类似于galaxy; 安装过程如下，参考官网给的指导手册 http://www.pacb.com/wp-content/uplo...
使用高版本SMRT Analysis软件对Pacbio reads进行基因组De novo组装
1. SMRT Analysis简介 SMRT Analysis软件是由Pacbio Science公司开发的软件，现在是SMRT Link软件的一部分，用于对Pacbio Long Reads数据进...
Browse基因浏览器介绍
日常工作的窘境 谈基因浏览器的必要性，不需要扯“各种基因组序列以及高通量测序数据爆炸性增长，满足基因组可视化、大规模基因组数据分析和应用需要”这些有的没的，只需要从日常实际需求出发就可以。 在日常数据...
从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第5节 理解并操作BAM文件
经过了第四节的长文，我想大家基本上已经知道了一个WGS流程该如何构建起来了吧。但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文件我没能展开来讲，分别是：BAM和VCF文件。这篇我们先说BAM文件。 什么是BAM ...