本地安装UCSC基因组浏览器

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所属分类:Genomics

CSC基因组浏览器在大规模高通量数据的可视化和比较分析研究中发挥着重要的作用。拥有了本地浏览器,就可以对自己的测序数据进行更深入的分析和共享使用。本文详细介绍了如何一步步在本地安装、配置、高级使用UCSC浏览器。

安装UCSC浏览器

1. 安装mysql+apache

2. 新建mysql用户

3. 同步UCSC所需html文件和运行程序

4. 把以下内容写入/etc/apahce2/httpd.conf

5. 设置Apache解析有执行权限的文件中的SSI指令,然后重启apache

6. 设置数据库配置文件

进入/var/www/gw/cgi-bin/目录,建立hg.conf文件并写入下列内容

同时运行如下命令sudo chown www-data /var/www/gw/cgi-bin/hg.conf更改文件的所有权。

更多功能的conf文件见http://genome-test.cse.ucsc.edu/~kent/src/unzipped/product/ex.hg.conf.

7. 建立缓存文件夹

8. 提供Javascript文件

9. 这时就应该能够访问了,成功的标志就是访问http://localhost/gw会看到UCSC常见的页面。


加载UCSC浏览器所需数据库内容

1. 安装hgcentral数据库内容

出现错误/var/www/gw/cgi-bin/hgGateway: error while loading shared libraries: libssl.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory时的解决方案:

2. 获取相关物种信息数据库

错误解决

a. Could not connect to database (null) on localhost as gw. Client does not support authentication protocol requested by server; consider upgrading MySQL

b. Cant connect to local MySQL server through socket ‘/var/lib/mysql/mysql.sock’

3. 下载gbdb数据

4. 访问链接http://localhost/gw/cgi-bin/hgGateway?db=mm9

UCSC Track Hub使用

UCSC Track Hub可以方便加载多组高通量分析结果文件,并且可以使用Track overlay, 即不同的Track叠加到一起显示,方便比较。

1. 构建UCSC hub track

2. 定时清理

 

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