GBrowse安装记录

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所属分类:Bioinformatics

安装步骤

  1. perl、mysql安装略过
  2. apache安装
    [shell]
    % cd httpd-2.x.xx
    % ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --with-mpm=prefork
    % make && make install
    [/shell]
  3. libgd2的安装
    [shell]
    wget http://www.libgd.org/releases/gd-2.0.35.tar.gz
    tar zxvf gd-2.0.35.tar.gz
    cd gd-2.0.35
    ./configure
    sudo make install
    [/shell]
  4. mod_perl安装
    [shell]
    wget http://perl.apache.org/dist/mod_perl-2.0-current.tar.gz
    tar zxvf mod_perl-2.0-current.tar.gz
    cd mod_perl-2.0-current
    perl Makefile.PL MP_AP_PREFIX="$HOME/httpd-2.2" MP_AP_CONFIGURE="--with-mpm=prefork"
    make
    make test
    make install
    [/shell]
  5. 必须的Perl libraries安装
    [shell]
    sudo perl -MCPAN -e 'install Module::Build'
    sudo perl -MCPAN -e'install GD'
    sudo perl -MCPAN -e'install JSON'
    sudo perl -MCPAN -e'install LWP'
    sudo perl -MCPAN -e'install Storable'
    sudo perl -MCPAN -e'install IO::String'
    sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny'
    sudo perl -MCPAN -e'install File::Temp'
    sudo perl -MCPAN -e'install Digest::MD5'
    sudo perl -MCPAN -e'install CGI::Session'
    sudo perl -MCPAN -e'install Statistics::Descriptive'
    sudo perl -MCPAN -e'install GD::SVG'
    sudo perl -MCPAN -e'install DBI'
    sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql'
    sudo perl -MCPAN -e'install DBD::Pg'
    sudo perl -MCPAN -e'install DB_File::Lock'
    sudo perl -MCPAN -e'install File::NFSLock'
    sudo perl -MCPAN -e'install Template'
    sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Root::Version'
    sudo perl -MCPAN -e'install Date::Parse'
    sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny'
    sudo perl -MCPAN -e'install Test::Most
    sudo perl -MCPAN -e'install Bio::ASN1::EntrezGene
    sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql
    sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Perl'
    sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Graphics'
    [/shell]

    如果安装失败,下载源代码进行安装,比如对于bioperl的安装:
    [shell]
    wget --no-check-certificate \
    http://github.com/bioperl/bioperl-live/tarball/master -O bioperl.tar.gz
    tar zxvf bioperl.tar.gz
    cd bioperl-bioperl*
    perl Build.PL
    sudo ./Build install
    [/shell]

  6. GBrowse的安装
    [shell]
    svn co https://gmod.svn.sourceforge.net/svnroot/gmod/Generic-Genome-Browser/trunk Generic-Genome-Browser
    cd Generic-Genome-Browser
    [/shell]
    ===编译===
    [shell]
    perl Build.PL \
    --cgibin=$HOME/httpd/cgi-bin/gbrowse2 \
    --conf=$HOME/httpd/conf/gbrowse2 \
    --htdocs=$HOME/httpd/htdocs/gbrowse2 \
    --tmp=$HOME/httpd/tmp \
    --portdemo=8080 \
    --wwwuser=daemon

    ./Build test
    [/shell]
    有些测试用例没有通过,但是并不影响对于GBrowse的使用
    ===安装配置===
    计划好安装目录,可以通过该参数进行配置,
    [shell]
    ./Build config
    [/shell]
    如果需要重新配置,需要
    [shell]
    ./Build reconfig
    ./Build demo
    ./Build install
    [/shell]

有关权限需要说明的

  • 安装配置需要指明httpd进程的用户,这样使得指定的目录比如数据库文件目录,临时文件目录,Session文件目录具有相应的权限
  • 对于配置文件的修改权限,安装时,因为需要向Perl库写入文件,所以需要使用root进行安装,许多文件都是root级别的,需要做相应的修改chown,chmode
  • 对于perl模块的安装都是使用root,将其安装到用户的目录,尝试了,但是还没有完全领会
  • 页面访问,发生内部错误,通过勘查error.log文件,可以找到错误的确切原因,给予解决

安装感受

  • 需要的Perl模块,可以使用CPAN进行安装sudo perl -MCPAN -e shell, install **,但是如果失败的话,一定要按照该模块的说明进行手工安装,大部分原因是需要第三方库;
  • perl的模块都可以在  http://search.cpan.org搜索得到;
  • 按部就班,将所有需要的模块进行安装,然后就是配置./Build reconfig;
  • 这时候还出错的话,就是配置文件出问题了,需要修改GBrowse.conf, 最后遇到的问题就是报告错误。

来源:http://boyun.sh.cn/bio/?p=1783

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目前评论:1   其中:访客  1   博主  0

    • avatar weizhongxing 0

      请问 如何解决 数据量大 Gbrowse 显示数据慢的问题,我已经配置了slave,但是还是很慢