一、什么是单细胞测序？ 如果简单地说，单细胞测序就是获取单个细胞遗传信息的测序技术，似乎没有多大的帮助。为了理解这个问题，咱们不妨先来了解一下测序技术到底可以做些什么。 目前，测序可以回答以下6类问题...
单细胞测序扫盲
阅读全文
单细胞RNA测序方案比较
目前，随着单细胞RNA测序技术（scRNA）的成熟，新的测序方案不断出现。那么，各种技术平台的性能如何呢？优缺点有哪些呢？如何根据我们的研究目的选择合理的单细胞RNA测序技术呢？ 本文系统的比较了6种...
单细胞测序教程
小伙伴们，大家好，今天我们来开启一个新的话题，Single cell sequence，近来单细胞测序在探索生物过程、疾病机理等方面展现了前所未有的精度，通过对单细胞进行 DNA 和 RNAseq 我...
系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(三)
scRNA的上游处理CellRanger，CellRanger就是基于10X genomics，从fastq生成表达矩阵的工具，然后有了表达矩阵，就可以下游利用Seurat等R包分析 CellRang...
系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(一)
单细胞测序是目前研究的热点，那么我重新回来探究一下，首先问自己几个问题： 都是转录组测序，有什么不一样？ 看到转录组我们都不陌生，有参无参也都做了许多了，但是对一个细胞测序，为什么呢？10X给出了一个...
单细胞RNA-seq数据分析最佳实践
Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst....
CellRanger单细胞转录组分析教程(五) 理解cellranger count的结果
Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同，比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下，主要有summary和a...
CellRanger单细胞转录组分析教程(四) Cell Ranger流程概览
总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit...
CellRanger单细胞转录组分析教程(三) 使用初探
首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'...
CellRanger单细胞转录组分析教程(二) 使用前注意事项
将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件，它是sra-tool中的一个工具，使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个...