Single Cell单细胞测序扫盲 一、什么是单细胞测序? 如果简单地说,单细胞测序就是获取单个细胞遗传信息的测序技术,似乎没有多大的帮助。为了理解这个问题,咱们不妨先来了解一下测序技术到底可以做些什么。 目前,测序可以回答以下6类问题... 04月12日6,2912单细胞测序 阅读全文
Single Cell单细胞RNA测序方案比较 目前,随着单细胞RNA测序技术(scRNA)的成熟,新的测序方案不断出现。那么,各种技术平台的性能如何呢?优缺点有哪些呢?如何根据我们的研究目的选择合理的单细胞RNA测序技术呢? 本文系统的比较了6种... 01月13日9,601评论single cell 单细胞测序 阅读全文
Single Cell单细胞测序教程 小伙伴们,大家好,今天我们来开启一个新的话题,Single cell sequence,近来单细胞测序在探索生物过程、疾病机理等方面展现了前所未有的精度,通过对单细胞进行 DNA 和 RNAseq 我... 01月07日34,3611 单细胞 单细胞测序 阅读全文
Single Cell系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(三) scRNA的上游处理CellRanger,CellRanger就是基于10X genomics,从fastq生成表达矩阵的工具,然后有了表达矩阵,就可以下游利用Seurat等R包分析 CellRang... 12月18日3,677评论单细胞测序 阅读全文
Single Cell系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(一) 单细胞测序是目前研究的热点,那么我重新回来探究一下,首先问自己几个问题: 都是转录组测序,有什么不一样? 看到转录组我们都不陌生,有参无参也都做了许多了,但是对一个细胞测序,为什么呢?10X给出了一个... 12月18日5,526评论单细胞测序 阅读全文
Single Cell单细胞RNA-seq数据分析最佳实践 Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst.... 12月06日4,773评论RNA-seq 单细胞 阅读全文
Single CellCellRanger单细胞转录组分析教程(五) 理解cellranger count的结果 Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同,比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下,主要有summary和a... 11月08日4,101评论CellRanger 单细胞 阅读全文
Single CellCellRanger单细胞转录组分析教程(四) Cell Ranger流程概览 总的来说,Cell Ranger主要的流程有:拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze,还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit... 11月08日7,773评论CellRanger 单细胞 阅读全文
Single CellCellRanger单细胞转录组分析教程(三) 使用初探 首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'... 11月08日4,131评论CellRanger 单细胞 阅读全文
Single CellCellRanger单细胞转录组分析教程(二) 使用前注意事项 将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件,它是sra-tool中的一个工具,使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个... 11月08日7,135评论CellRanger 单细胞 阅读全文