运行samtools faidx和pileups 前期请先阅读《序列比对工具的对比》 # 我们现在有bwa.bam和bow.bam两个文件。 # Pileup的输出。wgsim模拟器生成的低质量rea...
使用SAMR对蛋白组数据表达量进行差异分析
1. SAMR简介 SAM（Significance Analysis of Microarrays）在基因芯片数据时代中被开发出来进行基因表达量差异分析。该算法也能用于进行RNA-Seq数据的基因表...
bowtie结果sam文件解读
sam文件解读 @HD VN:1.0 SO:unsorted @SQ SN:chr1 LN:249250621 @SQ SN:chr2 LN:243199373 @PG ID:Bowtie VN:1....
被忽视的Samtools参数
Samtools是一个用于操作序列比对结果sam和bam文件的工具合集。 sam文件格式 SAM格式由两部分组成：头部区和比对区，都以tab分列。 头部区:以’@’开始，体现了比对的一些总体信息。比对...
Snp-calling流程（BWA+SAMTOOLS+BCFTOOLS）
比对可以选择BWA或者bowtie，测序数据可以是单端也可以是双端，我这里简单讲一个，但是脚本都列出来了。而且我选择的是bowtie比对，然后单端数据。 首先进入hg19的目录，对它进行两个索引 sa...
SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法
NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology I...
用samr包对芯片数据做差异分析
本来搞差异分析的工具和包就一大堆了，而且limma那个包已经非常完善了，我是不准备再讲这个的，正好有个同学问了一下这个包，我就随手测试了一下，顺便看看它跟limma有什么差异没有！手痒了就记录了测试流...
samtools常用命令详解
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以...
SAM文件格式介绍
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔，从左到右分别是： 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比...
SAM/BAM文件处理
当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件...