最近一个课题需要对基因表达数据进行混合模型(mixture modeling)分析,主要是两个高斯分布混合模型。看到其他人的文章中提及到flexmix包,大致了解了一下,发现很强大。关于它的使用,我发...
DESeq2差异基因分析和批次效应移除
基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异,最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM),即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。 这种计算方...
鉴定可重复的Peaks
ATAC-Seq/ChIP-Seq通常需要2个会更多的生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。如何评...
ATAC-Seq分析教程:差异peaks分析——DiffBind
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程:用MAC...
ATAC-Seq分析教程:用ChIPseeker对peaks进行注释和可视化
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ATAC-Seq分析教程:重复样本的处理-IDR
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ATAC-Seq分析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)ChIPQC
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ATAC-Seq分析教程:用MACS2软件call peaks
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bismark 识别甲基化位点-可视化篇
在bismark中提供了两种生成html报告的方式,对应两个命令 bismark2report bismark2summary 第一个命令针对单个样本。每个样本在比对之后,都会生成一个report 文...
bsseq 进行差异甲基化分析
bsseq 主要用来分析WGBS的数据, 安装过程如下 source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) biocLite(“bsseq”) bsseq的分析主...