甲基化数据分析

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所属分类:Epigenetics

相关的分析软件:

  • methylKit: https://code.google.com/p/methylkit/
  • BSMAP:https://code.google.com/p/bsmap/
  • MOABS: https://code.google.com/p/moabs/
  • Bismark: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/
  • BiSeq: http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/BiSeq.html
  • MethPipe: http://smithlabresearch.org/software/methpipe/

首先是对数据进行比对,推荐使用bismark,因为比较经典目前很多关于后面的数据处理所开发的R包都可以读入该软件的输出。

一:运行bismark阶段

bismark内置了两种比对工具,bowtie(默认),以及bowtie2.至于选择那个基本上都可以吧。

当然在运行bismark的时候你不得不看看它软件的说明,以及主页。

准备基因组:($dir代表路径)

比对:

结果输出:

输出的几个文本文件例如:report\bedgraph等文件还是很有用的

二:进行相关的统计以及注释(推荐使用methylKit)

methylKit可以读入bismark的输出SAM文件,但是需要一定处理就是排序,这里借助SAMtools就可以了。

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#genome coverage

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#Sample Correlation

#Descriptive statistics on samples

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原文来自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102uxgp.html

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    • phoenidi phoenidi 0

      傻大白想从0开始学甲基化分析,求指点迷津