差异甲基化分析eDMR软件分析说明

  • A+
所属分类:Epigenetics

软件链接地址:https://code.google.com/p/edmr/

该软件是可以基于对methylkit 软件包进行 进一步处理的,在处理和找寻差异甲基化为点和区域,分析的要比 methylkit更加细致。建议使用methylkit主要是对样本间甲基化水平的各种评估,但是寻找差异还是建议使用edmr软件包。

使用的相关脚本如下:

原文来自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102v7js.html

发表评论

:?: :razz: :sad: :evil: :!: :smile: :oops: :grin: :eek: :shock: :???: :cool: :lol: :mad: :twisted: :roll: :wink: :idea: :arrow: :neutral: :cry: :mrgreen:

目前评论:2   其中:访客  2   博主  0

    • xuan xuan 0

      您好,
      我现在在做BS甲基化的课题研究,在筛选差异位点和区域时遇到了困难,对methylKit和eDMR有一些问题请教:
      1.两个R包对BS和RRBS均适用吗?
      2.这两个包是对染色体适用还是对全基因组适用,还是二者均可适用。
      我曾经分别将全基因组的相关文件和每条染色体相关文件作为输入,得到的结果是不同的,但是又不知道怎么解释两种方法哪一种是正确的。
      希望您能在百忙之中不吝赐教。
      谢谢!

      • lvl_2001 lvl_2001 0

        为什么只能分析CpG呢?做植物的怎么用软件找DMR啊?DMR一般都是什么标准?我看不同的文献用的标准不一样呢