甲基化测序方法及比较

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所属分类:Epigenetics

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甲基化测序方法有多种,以上列举了十几种,相信这也使大家经常会用到的种类,其中不知包含了甲基化研究的方法,还包含了羟甲基化的研究方法,当然现有的羟甲基化研究手段还不是很成熟,至少在我接触到的老师当中,很少有研究羟甲基化的,5hmC本身就很少,有文章中指出5hmC知识中间体,是去甲基化的中间产物,其过程为5mC->5hmC->5caC->C,所以个人觉得,羟甲基化对于调控机理的研究很有帮助,其实很多科研一直在寻找生命活动的“开关”甲基化也许就是其中很重要的一个。希望多多关注,也希望有好的科研文章可以分享。

Bisulfite处理后进行全基因组测序

另外对于现有的高通量甲基化研究方法,最好的无疑是Bisulfite处理后进行全基因组测序,但是对于基因组较大的物种,这种方法太奢侈了,费用太高,及时现在测序费用不断降低的前提下也一样让科研工作者很难接受,另外,测序产生的数据也是巨大的,给分析带来的负担也是成倍增加的。

MeDIP-seq和MBD-seq

更有针对性,测序费用不也高,分析数据也相对容易,但是这个方法最大的问题在于,IP下来的东西,MBD下来的东西,是不是你想要的东西,经常会出现结果不可验证,想要的东西得不到,得到的不想要,非常尴尬。

RRBS技术

算是相对较好的,可以确定甲基化位点,减少数据量,通量较高,但是同样,酶切的效率,是这个方法的软肋,有些甲基化的位点并没有被酶切开,导致结果的不全面性,上面提到的5hmC就有可能影响这个酶的没且效果。

捕获测序,甲基化捕获测序

罗氏新推出的方法,技术较新,可以定制,特点在于,只测目标区域,非目标区域不测,另外一点,通过bisulfite处理就可以定向的检测目标区域的甲基化情况,同时能够降低测序的数据量,同样的数据量也可以提高测序深度,其实甲基化测序,30X应该远远不够研究甲基化的水平,所以,这种目标区域甲基化测序的方法,确实是一个好的方法,但是问题在于,这个方法只能发现捕获目标区域内的甲基化,区域外的无法检测,另外,捕获效率也是需要考虑的一个问题,按照外显子捕获的效果估算,能够捕获90%区域,已经是很不错的结果了,所以你想要的结果有可能也会被漏掉。

如果甲基化捕获测序的成本不高,罗氏的这款捕获产品还是很有竞争力的。

原文来自:http://nextseq.com/%E7%94%B2%E5%9F%BA%E5%8C%96%E5%8F%AF%E4%BB%A5%E6%80%8E%E4%B9%88%E7%8E%A9%EF%BC%9F/ 原标题:《甲基化可以怎么玩?》

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