MACS2 安装

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所属分类:Epigenetics

最近在学习和使用MACS2,由于Ubuntu的一些配置问题,致使在MACS2的安装始终遇到中断,在查询很多资料以后,最终安装成功,现在与大家在这里一起分享:

1)下载MACS2

$ python setup.py install

出现如下问题:

MACS2/cProb.c -o error: #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation.
error: command 'gcc' failed with exit status 1

后来更新了gcc(见我的日志 《Ubuntu安装与更新GCC》),安装了gcc4.7.0,同样运行了1),结果同样!(由于MACS2对一些软件的配置版本比较新,所以我对可能需要的用到的东西都进行了升级,换言之,也许更新gcc4.7.0并不能解决问题)

在网上查到一个资料,说需要的Cython版本应该>=0.14.1(https://github.com/taoliu/MACS/issues/3)。

2)安装Cython

在网上下载Cython0.16,运行命令行:

$ sudo apy-get install python-dev
$ cd Cython-0.16/
$ sudo python setup.py install

安装成功!

3) 安装 MACS2

$ cd MACS-2.0.9
$ sudo python setup.py install

原文来自:http://lwzhanghz.blog.163.com/blog/static/136826369201251783236887/

 

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