BioinformaticsWGCNA的全自动安装方法 随着现在测序价格不断走低,转录组数据爆炸式增长,WGCNA被广泛应用于基因共表达网络分析。这里介绍一下WGCNA的全自动安装方法。 前提: 在电脑或者服务器中安装R version 3.0.0或更高的... 03月05日2,882评论WGCNA 自动安装 阅读全文
BioinformaticsGSEA分析结果详细解读 在解读传统的富集分析结果时,经常会有这样的疑问,一个富集到的通路下,既有上调差异基因,也有下调差异基因,那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢,是被抑制还是激活?或者更直观点说,这条通路下的基因表达水... 02月10日14,2941 GSEA 阅读全文
Bioinformatics怎么分析关注的功能基因集在转录组结果中表现如何? 拿到转录组数据之后,很多人最关心的恐怕就是差异基因的富集分析了,它阐明了实验中样本差异在基因功能上的体现。 但有时候,我们在设计实验的时候就已经对某些特定功能的基因集特别关注了,那么如何分析这些基因集... 02月10日3,127评论GSEA 阅读全文
BioinformaticsGSEA结果解读 1 Enrichment score(ES) ES是GSEA最初的结果,反应全部杂交data排序后,在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理:扫描排序序列,当出现一个功能集中的gene时,增... 02月10日3,507评论GSEA 阅读全文
Bioinformatics利用GEM-library创建基因组Mappability文件 现在测序应用越来越广泛,各种Seq满天飞,譬如ChIP-Seq, DNase-Seq等等。在align完测序的reads后,有些位置reads多有些位置reads 少。除了本身的生物特性外是否还与其他... 02月08日4,365评论mappability 阅读全文
Bioinformaticsheatmap.2()获得聚类之后的矩阵 在做heatmap聚类之后,常常因为一些分析,需要获取聚类后的矩阵。这里分享一种刚刚学习到的方法。 该方法基于heatmap.2的hierarchical clustering聚类。 首先产生随机数据... 10月22日1,919评论heatmap.2 聚类 阅读全文
BioinformaticsMotif数据库Jaspar R包ggseqlogo 绘制seq logo图和Seq logo 在线绘制工具–Weblogo介绍了如何用R脚本和在线工具绘制seq logo图,用于展现转录因子或修饰酶等结合序列的偏好性。 JASP... 09月03日11,416评论Jaspar motif 阅读全文
Bioinformatics搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列 在准备NGS文库的时候,会有用到转座酶Tn5,Nextera DNA Library Preparation Kit ,比如ATAC-seq就有用到这个Tn5。转座酶携带有特定的序列称为转座子Tran... 02月25日19,0961 atac-seq 阅读全文
Bioinformatics利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling 运行samtools faidx和pileups 前期请先阅读《序列比对工具的对比》 # 我们现在有bwa.bam和bow.bam两个文件。 # Pileup的输出。wgsim模拟器生成的低质量rea... 02月25日14,299评论samtools SNP 阅读全文
Bioinformatics安装和使用SRA toolkit # 进入你的source目录。 #*原文为cd ~/srrc,应是笔误,这里更正为: cd ~/src # 下载 SRA toolkit (确保你的下载链接对应的软件版本是跟你的系统一致的。) #*建... 02月25日13,871评论SRA sratoolkit 阅读全文