随着现在测序价格不断走低，转录组数据爆炸式增长，WGCNA被广泛应用于基因共表达网络分析。这里介绍一下WGCNA的全自动安装方法。 前提： 在电脑或者服务器中安装R version 3.0.0或更高的...
WGCNA的全自动安装方法
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GSEA分析结果详细解读
在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水...
怎么分析关注的功能基因集在转录组结果中表现如何？
拿到转录组数据之后，很多人最关心的恐怕就是差异基因的富集分析了，它阐明了实验中样本差异在基因功能上的体现。 但有时候，我们在设计实验的时候就已经对某些特定功能的基因集特别关注了，那么如何分析这些基因集...
GSEA结果解读
1 Enrichment score（ES） ES是GSEA最初的结果，反应全部杂交data排序后，在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理：扫描排序序列，当出现一个功能集中的gene时，增...
利用GEM-library创建基因组Mappability文件
现在测序应用越来越广泛，各种Seq满天飞，譬如ChIP-Seq, DNase-Seq等等。在align完测序的reads后，有些位置reads多有些位置reads 少。除了本身的生物特性外是否还与其他...
heatmap.2()获得聚类之后的矩阵
在做heatmap聚类之后，常常因为一些分析，需要获取聚类后的矩阵。这里分享一种刚刚学习到的方法。 该方法基于heatmap.2的hierarchical clustering聚类。 首先产生随机数据...
Motif数据库Jaspar
R包ggseqlogo 绘制seq logo图和Seq logo 在线绘制工具–Weblogo介绍了如何用R脚本和在线工具绘制seq logo图，用于展现转录因子或修饰酶等结合序列的偏好性。 JASP...
搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列
在准备NGS文库的时候，会有用到转座酶Tn5，Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到这个Tn5。转座酶携带有特定的序列称为转座子Tran...
利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling
运行samtools faidx和pileups 前期请先阅读《序列比对工具的对比》 # 我们现在有bwa.bam和bow.bam两个文件。 # Pileup的输出。wgsim模拟器生成的低质量rea...
安装和使用SRA toolkit
# 进入你的source目录。 #*原文为cd ~/srrc，应是笔误，这里更正为： cd ~/src # 下载 SRA toolkit (确保你的下载链接对应的软件版本是跟你的系统一致的。） #*建...