如何处理批次效应(batch effect) Bioinformatics

如何处理批次效应(batch effect)

在生信分析过程中,尤其是转录组分析中,经常会遇到测得数据不足,需要利用公共数据库中已有的数据,那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗?如果贸然混合,会有什么问题? 10年nature有一篇综述,专门讲...
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用ImageJ对条带进行定量分析 Bioinformatics

用ImageJ对条带进行定量分析

ImgaeJ是一款比较常用的科研图片分析软件,在之前已介绍过用它来进行细胞计数、不同颜色通道的荧光照片的融合和不规则区域面积的测定等(参见 拓展阅读部分)。 其实,它被广泛用于胶图条带的定量分析,如下...
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上传测序数据到GEO Bioinformatics

上传测序数据到GEO

首先向大家简单介绍下GEO数据库,它是为了共享基因表达数据而建立的一个在线数据库。很多文章发表都需要上传到GEO数据库,还不赶紧学习下,(*^__^*)。 如果要上传GEO数据库,首先要建立一个NCB...
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