蛋白质定量—MaxQuant软件分析多样品定量

来源:omicsclass
评论
28

在 蛋白质定量—MaxQuant软件的使用 这篇文章中介绍了如何使用MaxQuant进行蛋白质定量。但是只适用于样品少(11个样品以内)的分析,但是如果样品特别多(比如有18个样品)时,标记是不够用的,这时候可以将样品分成3组分析,每组使用6标测序。然后再使用MaxQuant定量。MaxQuant定量方法如下:

1.导入数据并分组

这里每组6个样品有9个原始数据文件,将每组对应的Parameter group 和 Experiment 设为一组,Fraction 设为1-9。如下图所示:

蛋白质定量—MaxQuant软件分析多样品定量
2.设置每组所使用的标记

在“组特定参数” 这里设置每组使用的标记,Group0、Group1、Group2三组都使用的6plex TMT。

蛋白质定量—MaxQuant软件分析多样品定量

3.设置全局参数

Sequences 中添加物种蛋白质序列文件。并设置Taxonomy ID,输入物种拉丁文名称即可得到。

蛋白质定量—MaxQuant软件分析多样品定量

4.点击开始,启动运行。

5.将定量结果跑蛋白质流程。(可忽略)

跑流程是需要提供2个文件,第一个是sample_label.txt,如下所示:

蛋白质定量—MaxQuant软件分析多样品定量

第一列为样品id,第2列为样品使用的标记。

第二个文件为sample_info.txt,如下图所示:

蛋白质定量—MaxQuant软件分析多样品定量该文件为3组样品的信息,每6行为一组。

第一列由Reporter intensity 1开始,逐行累加,直到该组结束,下组重新由1开始。

第二列为样品名称,样品名称顺序与所使用标签顺序保持一致。

第三列为样品所属生物学重复分组。

第四列为生物学重复。

第五列为所属分组,与 1 中Experiment保持一致。

  • 版权声明 本文源自 omicsclass 整理
  • 转载请务必保留本文链接:https://www.plob.org/article/24928.html

发表评论

匿名网友 填写信息