序 言 接触HiC数据有一些时日了，想着总结一下关于HiC的一些特定术语以及数据分析的相关软件，做为备忘录的同时也可以方便后来的人。 先从概念开始，下面的示意图基本完美地展示了那些耳熟能详的术语所定义...
HiC术语图解与分析软件汇总
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二代测序中barcodes index的介绍
刚接触高通量测序的同学，可能会接触到barcode index等名词。 为什么要有barcodes ？ 原因很简单，一个lane有效数据30来G 我们并常常不可能拿一个样品测那么大数据量，尤其是RNA...
ortholog, outparalog，inparalog，coortholog的解释
在使用orthoMCL软件时，遇到了这三个概念，说一下自己的理解： ortholog：源于物种形成时，在物种间垂直传递。 outparalog：源于物种形成前的基因复制，然后在物种间垂直传递。 inp...
Real Time PCR 检测方法原理
嵌合荧光染料检测法 (SYBR Green I) SYBR Green I是荧光定量PCR最常用的DNA结合染料，能与双链DNA非特异性结合，结合后发出荧光，可以通过检测反应体系中的SYBR Gree...
Taqman原理和视频
应用一对双标记Taqman探针，分别针对双等位SNP的不同基因型，只有完全匹配的探针扩增出各自对应的基因型；用两种荧光染料Fam，Hex（Vic）分别标记这两种探针，就可以在一次PCR反应中完成对单个...
codingGene的结构、3`UTR的结构和测序与物理覆盖度
1. codingGene的结构 codingGene一般表现出来至少是四个结构：TU，MODEL，EXON，CDS。TU不必说了，gene的转录单元；MODEL比较有意思，其实就是转录本的不同剪切方...
转换(transitions)和颠换(transversions)
只要涉及进化，转换(transitions)和颠换(transversions)是常遇到的两个词。下面引用百度百科资料简单介绍一下： 点突变，也称作单碱基替换（single base substitu...
癌症生物信息学
癌症是由于一些遗传改变和表观遗传改变而导致的疾病，在它最简单的形式中，癌症是一种由于一个细胞基因组变化而导致的遗传性疾病。这种遗传改变包括点突变、插入突变、缺失突变和染色体易位等。这些基因的变化可以导...
Solexa与Hiseq测序技术中常见术语名词解释
第二代测序技术中Solexa以及它的升级版Hiseq，目前使用最多。为了帮助PLoB网友进一步了解Solexa相关的概念。与大家分享一篇网上看到的文章《Solexa测序技术中常见术语解释》，文章后面有...
Permutation Test 置换检验
显著性检验通常可以告诉我们一个观测值是否是有效的，例如检测两组样本均值差异的假设检验可以告诉我们这两组样本的均值是否相等（或者那个均值更大）。我们在实验中经常会因为各种问题（时间、经费、人力、物力）得...