codingGene的结构、3`UTR的结构和测序与物理覆盖度

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1. codingGene的结构

codingGene一般表现出来至少是四个结构:TU,MODEL,EXON,CDS。TU不必说了,gene的转录单元;MODEL比较有意思,其实就是转录本的不同剪切方式;EXON是包含UTR部分,CDS不包含UTR。对于noncodingGene,没有CDS的说法,也没有UTR的说法,就不必细说了。

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2. 3`UTR的结构

3`UTR是PolyA尾巴的载体,而加这个尾巴关键的是PloyA signal。这个信号位点在3`UTR富含T或GT和其上游AATAAA信号中间,大约离AATAAA20-25个核苷酸,这个位点叫Cleavage site。如果AATAAA发生突变,那么PolyA signal就不会被激活。

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3. 测序与物理覆盖度

一度想不明白测序覆盖度与物理覆盖度的区别,查了半天的SA才明白了一些,只存在PE测序文库中,画了一张简化图给大家看。

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原文来自:http://blog.csdn.net/skenoy/article/details/8658032

ybzhao

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