Public Library of Bioinformatics | focus on bioinformatics

利用R的包flexmix实现有限混合模型分析

ggplot2画图教程

RNA-Seq数据分析新方法流程(HISAT、StringTie和Ballgown)

单细胞RNA测序方案比较

利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图

使用mamba加快conda安装软件速度

conda 是⼀个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。但是使用conda时经常会发现安装很慢，除了最基本的网络问题可以换成国内镜像来解决，c...

06月04日477评论

利用cell ranger分析scRNA-Seq数据后一般会得到这三个文件， barcodes.tsv.gz # 每个barcode代表一个cell features.tsv.gz # 每个feat...

03月18日1,166评论

随着现在测序价格不断走低，转录组数据爆炸式增长，WGCNA被广泛应用于基因共表达网络分析。这里介绍一下WGCNA的全自动安装方法。前提：在电脑或者服务器中安装R version 3.0....

gggenes是ggplot2的扩展包，用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。https://wilkox.org/gggenes/ 安装一种是安装稳定版本的gggene i...

基因表达标准化不同样品的测序量会有差异，最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM)，即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。 ...

最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据，于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍，做了简单修改放在这...

寻找合适的学习率(learning rate) 学习率是一个非常非常重要的超参数，这个参数呢，面对不同规模、不同batch-size、不同优化方式、不同数据集，其最合适的值都是不确定的，我们...

作为机器学习从业者，你需要知道概率分布相关的知识。这里有一份最常见的基本概率分布教程，大多数和使用 python 库进行深度学习有关。一概率分布概述共轭意味着它有共轭分布的关系。在贝...

很多同学刚接触生物信息的时候，对linux的命令多少存在一些恐惧和障碍。不知道为什么要敲这一对命令，他们的参数是什么意思。这里跟大家分享一个有趣的linux命令学习网站。它能够帮助大家很好地...

在之前的Evolview系列文章已为大家介绍过进化树与条形图、点图、热图以及蛋白结构域组合绘制，今天重点介绍进化树的装饰以及按簇进行分组美化。比如，学习绘制Evolview最美的一个展示案例...

刚接触高通量测序的同学，可能会接触到barcode index等名词。为什么要有barcodes ？原因很简单，一个lane有效数据30来G 我们并常常不可能拿一个样品测那么大数据量，尤...

一、什么是单细胞测序？如果简单地说，单细胞测序就是获取单个细胞遗传信息的测序技术，似乎没有多大的帮助。为了理解这个问题，咱们不妨先来了解一下测序技术到底可以做些什么。目前，测序可以回答以...