转录组入门(6): reads计数 Transcriptomics

转录组入门(6): reads计数

要求 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考:生信编程直播第四题:多...
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RNA-seq数据综合分析教程 Transcriptomics

RNA-seq数据综合分析教程

2 RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术,一般的用法就是看看基因表达谱,寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘,也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-s...
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为什么说FPKM/RPKM是错的 Transcriptomics

为什么说FPKM/RPKM是错的

去年,我接触了一个RNA-seq的项目,做完之后,我重新思考了FPKM和RPKM的计算,觉得它们很可能是不对的,后来查阅了一些文献终于验证了我的想法。现在我重新将这个过程记录下来: 1. FPKM和R...
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