Transcriptomics转录组入门(8):富集分析 我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。 然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入... 02月26日31,7772RNA-seq 基因集富集分析 阅读全文
Transcriptomics转录组入门(7):差异表达分析 这个步骤推荐在R里面做,载入表达矩阵,然后设置好分组信息,统一用DEseq2进行差异分析,当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果,进阶任务是比较多个差异分析... 02月25日37,5321 RNA-seq 差异表达 阅读全文
Transcriptomics转录组入门(6): reads计数 要求 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考:生信编程直播第四题:多... 02月25日12,5963RNA-seq 阅读全文
Transcriptomics转录组入门(5): 序列比对 比对软件很多,首先大家去收集一下,因为我们是带大家入门,请统一用hisat2,并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可,然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件... 02月25日18,1931 RNA-seq 比对 阅读全文
Transcriptomics转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释 准备工作 参考基因组 测序得到的是几百bp的短read, 相当于把拼图打散了给你。如果没有参考基因组,从头(de novo)组装等于是重走人类基因组计划的老路,也就是打散了拼图,却不告诉你原来是什么样... 02月25日20,8921 RNA-seq 基因注释 阅读全文
Transcriptomics转录组入门(3):质量控制 需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量! 数据解压 之前下载了所有的数据,但只有样本915才是mRNA-Seq测序结果,... 02月25日12,7671 FastQC RNA-seq 阅读全文
Transcriptomics转录组入门(2):读文章拿到测序数据 本系列课程学习的文章是:AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commu... 02月25日18,2681 RNA-seq SRA 阅读全文
TranscriptomicsRNA-seq数据综合分析教程 2 RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术,一般的用法就是看看基因表达谱,寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘,也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-s... 02月25日37,5835RNA-seq 阅读全文
Transcriptomics基于RNA-Seq的转录组数据分析入门介绍 基于RNA-Seq的转录组数据分析已经在研究中运用了近10来年了,现在一些杂志在发表论文的时候reviewers已经倾向于用RNA-Seq来替代RT-qPCR。对于生物信息专业“干实验”... 02月17日12,746评论RNA-seq 转录组 阅读全文
Transcriptomics为什么说FPKM/RPKM是错的 去年,我接触了一个RNA-seq的项目,做完之后,我重新思考了FPKM和RPKM的计算,觉得它们很可能是不对的,后来查阅了一些文献终于验证了我的想法。现在我重新将这个过程记录下来: 1. FPKM和R... 01月25日4,9493FPKM RNA-seq 阅读全文