ScriptR语言画图、数据分析、机器学习快速参考手册 在做生物信息数据分析中,R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡,其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面... 03月05日16,2885ggplot2 R 阅读全文
Script利用R的包flexmix实现有限混合模型分析 最近一个课题需要对基因表达数据进行混合模型(mixture modeling)分析,主要是两个高斯分布混合模型。看到其他人的文章中提及到flexmix包,大致了解了一下,发现很强大。关于它的使用,我发... 12月20日6,1181 flexmix R 阅读全文
ScriptR语言学习 – 入门环境Rstudio安装 R语言是比较常用的统计分析和绘图语言,拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库,是学习生物信息分析的必备语言之一。 Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一,支持纯R... 01月14日2,408评论R RStudio 阅读全文
Bioinformatics提取heatmap聚类后行列名称 在画heatmap的时候,往往由于某种数据分析需要,需要获得聚类后的heatmap的col和row的顺序。这里展示如何从pheatmap的聚类结果中提取我们需要的信息。 这里通过产生随机数据来演示。 ... 01月07日9,353评论heatmap R 阅读全文
Script基于R语言绘制坐标轴截断图 画图时经常遇到不同组的数据大小相差很大,大数据就会掩盖小数据的变化规律,这时候可以对Y轴进行截断,从而可以在不同层面(大数据和小数据层面)全面反映数据变化情况,如下图所示。 搜索截断图绘制的方法,有根... 01月01日4,516评论R 截断坐标轴 阅读全文
ScriptR语言标记显著性标记 学术论文和杂志中最常见的是用“字母”和“星号”标记差异显著性,在之前的文章《显著性分析后如何标记“abc”?》已经介绍过如何用SPSS比较均值的结果进行“纯手动”添加字母显著性标记。嗯,方法似乎非常“... 11月10日13,436评论R 显著性分析 阅读全文
ScriptR语言学习 – 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图) 箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布,又很漂亮的展示图。在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具。就这样都... 03月06日14,253评论R 画图 阅读全文
BioinformaticsR语言学习 – 线图绘制 线图 线图是反映趋势变化的一种方式,其输入数据一般也是一个矩阵。 单线图 假设有这么一个矩阵,第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域,第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度,想绘制一张线图展... 03月06日4,055评论R 画图 阅读全文
ScriptR语言学习 – 基础概念和矩阵操作 R基本语法 获取帮助文档,查看命令或函数的使用方法、事例或适用范围 >>> ?command >>> ??command #深度搜索或模糊搜索此命令 >>... 03月06日1,332评论R 阅读全文
ScriptR语言学习 – 入门环境Rstudio R语言是比较常用的统计分析和绘图语言,拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库,是学习生物信息分析的必备语言之一。 Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一,支持纯R... 03月05日4,082评论R RStudio 阅读全文