在做生物信息数据分析中，R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡，其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面...
R语言画图、数据分析、机器学习快速参考手册
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利用R的包flexmix实现有限混合模型分析
最近一个课题需要对基因表达数据进行混合模型（mixture modeling）分析，主要是两个高斯分布混合模型。看到其他人的文章中提及到flexmix包，大致了解了一下，发现很强大。关于它的使用，我发...
R语言学习 – 入门环境Rstudio安装
R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库，是学习生物信息分析的必备语言之一。 Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一，支持纯R...
提取heatmap聚类后行列名称
在画heatmap的时候，往往由于某种数据分析需要，需要获得聚类后的heatmap的col和row的顺序。这里展示如何从pheatmap的聚类结果中提取我们需要的信息。 这里通过产生随机数据来演示。 ...
基于R语言绘制坐标轴截断图
画图时经常遇到不同组的数据大小相差很大，大数据就会掩盖小数据的变化规律，这时候可以对Y轴进行截断，从而可以在不同层面（大数据和小数据层面）全面反映数据变化情况，如下图所示。 搜索截断图绘制的方法，有根...
R语言标记显著性标记
学术论文和杂志中最常见的是用“字母”和“星号”标记差异显著性，在之前的文章《显著性分析后如何标记“abc”？》已经介绍过如何用SPSS比较均值的结果进行“纯手动”添加字母显著性标记。嗯，方法似乎非常“...
R语言学习 – 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布，又很漂亮的展示图。在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具。就这样都...
R语言学习 – 线图绘制
线图 线图是反映趋势变化的一种方式，其输入数据一般也是一个矩阵。 单线图 假设有这么一个矩阵，第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域，第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度，想绘制一张线图展...
R语言学习 – 基础概念和矩阵操作
R基本语法 获取帮助文档，查看命令或函数的使用方法、事例或适用范围 >>> ?command >>> ??command #深度搜索或模糊搜索此命令 >>...
R语言学习 – 入门环境Rstudio
R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库，是学习生物信息分析的必备语言之一。 Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一，支持纯R...