R语言标记显著性标记

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所属分类:Script

学术论文和杂志中最常见的是用“字母”和“星号”标记差异显著性,在之前的文章《显著性分析后如何标记“abc”?》已经介绍过如何用SPSS比较均值的结果进行“纯手动”添加字母显著性标记。嗯,方法似乎非常“绕”,且一走神就容易错。

那么有没有R脚本可以实现相关的方差分析、均值比较、生成变量均值对应的“字母标记”?当然,如果能直接将字母标记添加到图表(比如柱状图)中,岂不美滋滋?

闲言少叙,接下来主要为大家介绍如何用R进行方差齐性检验(Bartlett test 和Levene test)、方差分析、均值的多重比较方法(TukeyHSD和LSD法),最后用ggplot2包进行数据可视化。示例数据和脚本可通过点击 阅读原文 下载

# 读取示例数据

data<-read.table("1233.txt",sep="t",header= TRUE)
data

方差齐性检验

nom<-bartlett.test(dia~lab,data = data)
# 如果是2(多)因数,使用interaction()函数,leveneTest(y~interaction(var1,var2),data= data)
nom
nom$p.value # 输出p值,当p>0.05时,方差是齐性的。

# 使用另一种方法进行齐性检验,SPSS软件使用Levene test进行齐性检验,这里需要安装car包。
install.packages("car")
library("car")
nom1<-leveneTest(dia~lab,data = data)
# 如果是2因素,使用*,leveneTest(y~ivar1*var2,data = data)
nom1
nom1$`Pr(>F)` # 输出p值,当p>0.05时,方差是齐性的。

方差分析

# 单因素方差分析,整体来看差异显著
oneway<-aov(dia~lab,data = data)
anova(oneway)

多重比较

#TukeyHSD法(Tukey’s Honestly Significant Difference)
bijiao<-TukeyHSD(oneway,ordered =FALSE,conf.level = 0.95)
bijiao
# 得到两两比较的差异分析结果

# LSD法(Fisher’s Least Significant Difference)
install.packages("agricolae")
library("agricolae")
out <- LSD.test(oneway,"lab",p.adj="bonferroni")
out
# LSD法检验处微小的差异,比较方便的是直接得出显著行标记,不需人工标记

# 整理用于作图的数据框
mar<-out$groups
rownamemar<-row.names(mar)
newmar<-data.frame(rownamemar,mar$dia,mar$groups)
sort<-newmar[order(newmar$rownamemar),]
# 将groups的数据框按列名排序,目的是保持与均值标准差的数据一一对应
rowname<-row.names(out$means)
mean<-out$means[,1]
sd<-out$means[,2]
marker<-sort$mar.groups
plotdata<-data.frame(rowname,mean,sd,marker)
plotdata
# 生成新的数据框

作图+显著性标记

# ggplot2 绘制带显著性标记的柱状图,更详细的内容参考《ggplot2绘图学习笔记分享》的内容
library("ggplot2")
p1<-ggplot(plotdata,aes(x=factor(rowname),y=mean))+geom_bar(position=position_dodge(0.6),width = 0.5,stat = "identity")
p1
p2<-p1+geom_errorbar(aes(ymin=mean-sd,ymax=mean+sd),position=position_dodge(0.6),width=0.2)
p3<-p2+geom_text(aes(x=factor(rowname),y=mean+sd+2.0,label=marker),size=3,position= position_dodge(0.6))
p3
p4<-p3+xlab("")+ylab("Lesiondiameter (mm)")
p4
p5<-p4+coord_cartesian(ylim= c(0,60),expand = FALSE)
p5
#更改y轴显示范围,这里的expand默认为TRUE
mytheme<-theme_bw()+theme(axis.title =element_text(size = 12),
axis.text =element_text(size=12),
panel.grid.major =element_line(color ="white"),
panel.grid.minor =element_line(colour = "white"),
axis.text.x =element_text(size = 12,angle=0,vjust=0,hjust=0,color = "black"),
axis.text.y =element_text(size = 12,color ="black"),
legend.text =element_text(size = 12),legend.title = element_blank()
plot.margin =unit(c(0.5,0.5,0.5,0.5), "cm"))
p5+mytheme
# 最终的绘制结果如下,如果不喜欢柱子下的“空隙”,可将p5中coord_cartesian(ylim = c(0,60),expand =FALSE)的expand改为TRUE。

 

#将图表保存为PDF文件
ggsave("wanyixia1.pdf", width = 10, height= 10, units = "cm")

最后想一下,如果不用LSD法现成的标记,用TukeyHSD法两两比较的结果又该进行标记呢?

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