对于从事生物信息的人来说Python是一个非常强大的数据处理和分析的语言。初步处理完数据后，对于数据可视化，不少同学选择用R来画图，譬如强大的ggplot2系列的包。PLoB也建立专栏索引列出了ggp...

一、引子————边界检测 我们来看一个最简单的例子：“边界检测（edge detection）”，假设我们有这样的一张图片，大小8×8： 图片中的数字代表该位置的像素值，我们知道，像素值越大，颜色越亮...

在做生物信息数据分析中，R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡，其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面...

经常有童鞋问如何绘制进化树和条形图、热图等的组合图，大神们经常会推荐大家用iTol。但由于iTOL是国外的网站，于是大家经常会遇到iTOL无法登陆的情况。 今天为大家介绍一个类似iTOL的进化树在线美...

算法公式挺费神，机器学习太伤人。任何一个刚入门机器学习的人都会被复杂的公式和晦涩难懂的术语吓到。但其实，如果有通俗易懂的图解，理解机器学习的原理就会非常容易。本文整理了一篇博客文章的内容，读者可根据这...

在学习tensorflow的过程中，有很多小伙伴反映读取数据这一块很难理解。确实这一块官方的教程比较简略，网上也找不到什么合适的学习材料。今天这篇文章就以图片的形式，用最简单的语言，为大家详细解释一下...

大家在用热图软件，例如，pheatmap绘制热图的之后，经常要面临一个问题就是： 图是画出来了，但如果想从图对应到基因，并查询对应基因的表达量就非常麻烦。因为热图聚类功能会打乱样本和基因的顺序，原来的...

当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠，包ggrepel就专门用来解决这个问题！ 首先我们来看看通过geom_text()添加标签时的情形： library(ggplot2) #使用数据集m...