16S微生物宏基因组与宏转录组学数据分析实操班
微生物宏基因组学及后期数据分析专题培训班”的通知 各有关单位: 微生物作为地球环境中的一大类生物群体,每种微生物都有其独特的功能。微生物学(microbiology)作为生物学的分支学科之一,在许多学...
R语言画图、数据分析、机器学习快速参考手册
在做生物信息数据分析中,R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡,其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面...
Motif数据库Jaspar
R包ggseqlogo 绘制seq logo图和Seq logo 在线绘制工具–Weblogo介绍了如何用R脚本和在线工具绘制seq logo图,用于展现转录因子或修饰酶等结合序列的偏好性。 JASP...
scRNA-seq单细胞转录组数据分析流程
为了确保单细胞转录组分析工具的可用性,许多开发人员已经做出了相当大的努力。到2021年5月28日,已经开发并提供了近1000种不同的生物信息学工具。 01 数据预处理 单细胞转录组原始测序数据的基本格...
十图详解tensorflow数据读取机制(附代码)
在学习tensorflow的过程中,有很多小伙伴反映读取数据这一块很难理解。确实这一块官方的教程比较简略,网上也找不到什么合适的学习材料。今天这篇文章就以图片的形式,用最简单的语言,为大家详细解释一下...
从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第5节 理解并操作BAM文件
经过了第四节的长文,我想大家基本上已经知道了一个WGS流程该如何构建起来了吧。但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文件我没能展开来讲,分别是:BAM和VCF文件。这篇我们先说BAM文件。 什么是BAM ...
从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程
这篇文章很长,超过1万字,是本系列中最重要的一篇,因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读,对于有一定经验的老手来说,相信依然可以有所收获。在开始之前,我想先...
从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第3节 数据质控
从这一节开始详细讲述正式流程的搭建,我将结合具体的例子努力争取将这个系列写成比GATK最佳实践更加具体、更具有实践价值的入门指南。整个完整的流程分为以下6部分: 原始测序数据的质控 read比对,排序...
从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第2节 FASTA和FASTQ
在WGS数据的分析过程中,我们会接触到许多生物信息学/基因组学领域所特有的数据文件和它们特殊的格式,在这一节中将要介绍的FASTA和FASTQ便是其中之一二。这是我们存储核苷酸序列信息(就是DNA序列...