前言 基因测序已是时下热门，目前除了华大基因之外，其他分布于全中国的大型测序平台（HiSeq X 10）还有约10个，每个每年大概能完成1.8万人的高深度全基因组测序，加起来就是18万人，如果加上华大...
使用Shapeit2对人类基因组数据进行phasing
SHAPEIT(2.0)是专门用于对推断基因组单体型的软件，有牛津大学的团队所开发，并且一直应用与千人基因组计划中。 以下，我将记录如何通过shapeit2对人群的变异数据集（VCF 格式）进行pha...
转录组入门（2）：读文章拿到测序数据
本系列课程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commu...
RNA-seq数据综合分析教程
2 RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术，一般的用法就是看看基因表达谱，寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘，也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-s...
tfrecords 格式数据训练mnist
TFRecords是tensorflow存储数据的一种二进制文件，能更好的利用内存，更方便复制和移动，并且不需要单独的标签文件，类似于caffe中的LMDB和LvevelDB，极大的提高了IO吞吐。 ...
基于RNA-Seq的转录组数据分析入门介绍
基于RNA-Seq的转录组数据分析已经在研究中运用了近10来年了，现在一些杂志在发表论文的时候reviewers已经倾向于用RNA-Seq来替代RT-qPCR。对于生物信息专业“干实验”...
深度学习中的数据增强、backbone、head、neck、损失函数(loss function)术语解释和汇总
backbone：主干网络，用来提取特征，常用Resnet、VGG等 head：获取网络输出，利用提取特征做出预测 neck：放在backbone和head之间，进一步提升特征的多样性及鲁棒性 bot...
深度学习数据集最常见的6大问题（附解决方案）
简介 如果您还没有听过，请告诉您一个事实，作为一名数据科学家，您应该始终站在一个角落跟你说：“你的结果与你的数据一样好。” 尝试通过提高模型能力来弥补糟糕的数据是许多人会犯的错误。这相当于你因为原来的...
Seaborn(sns)官方文档学习笔记（第六章 绘制数据网格）
Seaborn(sns)官方文档学习笔记系列包括： 第一章 艺术化的图表控制 第二章 斑驳陆离的调色板 第三章 分布数据集的可视化 第四章 线性关系的可视化 第五章 分类数据的绘制 第六章 绘制数据网...
Seaborn(sns)官方文档学习笔记（第五章 分类数据的绘制）
Seaborn(sns)官方文档学习笔记系列包括： 第一章 艺术化的图表控制 第二章 斑驳陆离的调色板 第三章 分布数据集的可视化 第四章 线性关系的可视化 第五章 分类数据的绘制 第六章 绘制数据网...