首先向大家简单介绍下GEO数据库，它是为了共享基因表达数据而建立的一个在线数据库。很多文章发表都需要上传到GEO数据库，还不赶紧学习下，(*^__^*)。 如果要上传GEO数据库，首先要建立一个NCB...
如何上传GEO数据库
1、创建账号 如果要上传GEO数据库，首先要创建NCBI帐号， 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 登录成功后，回到GEO的主页，点击 Sub...
CellRanger单细胞转录组分析教程(一) 数据下载
数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（上）
什么是批次效应？ 大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上 具体可以看这篇文章：https://www.natu...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（中）
第二个数据--CEL-seq2, GSE85241 Muraro et al. (2016) 利用CEL-seq2技术并结合UMI、ERCC得到的 https://www.ncbi.nlm.nih.g...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（下）
三组不同数据的混合 我们可以从每个数据集（也就是每个批次）中挑选前1000个生物学差异最大的基因 还记得之前是如何得到每个数据集的HVGs吗？主要利用trendVar、decomposeVar，另外存...
使用NextDenovo组装Nanopore数据
NextDenovo是武汉未来组胡江博士团队开发的一个三代组装工具，能够用于PacBio和Nanopore数据的组装。但是从官方的介绍而言，此工具在组装Nanopore上优势更大一些。 NextDen...
三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用
1.Hi-C原理简介 1.1 Hi-C技术高通量染色体构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段...
ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程：用MAC...
RNA-Seq数据分析新方法流程(HISAT、StringTie和Ballgown)
Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了，四年前关于这两个软件的使用，Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件，具体可以参考《利用top...