一、数据下载 打开GEO，选择GSE17538 数据，然后下载MINiML。 二、格式转化 然后导入GEO_Convert.exe 工具。 导出样本信息数据和数据矩阵。 三、格式修改（可以防止踩大坑）...

在我们涉足单细胞数据分析不久之后就会发现，我们在和一套新的理念打交道。在这套理念中，对象是常见的，数据是多维的，往往是一张核心表及其附属。我们对一张表是熟悉的，Excel极大地普及了这种熟悉，但是如何...

在我们分析单细胞数据的时候，需要想象力的一点就是要理解数据结构。平时我们都是如何看数据结构的呢？ library(Seurat) library(tidyverse) pbmc<-CreateS...

简介 上海市生物信息学会（Shanghai Society for Bioinformatics，缩写SSBI）成立于2005年6月，是上海市科学技术协会下属的地方性学术团体，依托单位为上海生物信息技...

众所周知，外显子组测序的核心目的是变异检测，数据质量对于能否挖掘到致病变异以及变异结果的可靠性至关重要。那么，高质量的数据具备哪些特点呢？对此，千年基因近日发布的外显子组测序结果给出了很好的解答。该数...

在一般的研究过程中，得到数据库之后，接下来可能就要进入数据分析的阶段了。在经典的临床研究中，我们通常会下大力气在数据收集上，当我们拿到数据之后，肯定会迫不及待的想看看结果。这样会有问题么?答案是肯定的...

1. 因果性与相关性 1.1 什么是因果        什么是因果呢？“因”其实就是引起某种现象发生的原因，而“果”就是某种现象发生后产生的结果。因果问题在我们日常生活中十分常见。 首先在医疗方面。比...

一，下载该软件 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ta...

一：下载安装该软件 wget http://sourceforge.net/projects/rseqc/files/RSeQC-2.5.tar.gz/download tar zxvf RSeQC....

roadmap的官网是：http://www.roadmapepigenomics.org/ 精选的129个细胞系，细胞系的介绍如下：http://www.broadinstitute.org/~an...