1.背景 GWAS研究产生了大量的SNP，大部分在非编码基因组 这些SNP其实是Lead/Tag SNP，所以需要同时关注与这些SNP处于高LD（linkage disequilibrium）的其它S...
Illumina测序数据的质量控制
我们先来看一下不同平台数据格式： 1. 产出数据格式 Solexa—fastq 2. 产出数据格式 454—fasta 测序读长即每条测序读断的长度，所有平时大家叫的read...
高通量测序数据质控神器—Trimmomatic
今天给大家推荐一个高通量测序数据质控神器——Trimmomatic。这个于 2014 年发表在 Bioinformatics 上的软件，至今为止在 Web of Science 上可以检索到 2,09...
GSEA分析支持的数据格式
1 表达式数据格式 1.1 GCT：基因簇文本文件格式（* .gct） 1.2 RES：ExpRESsion（带P和A调用）文件格式（* .res） 1.3 PCL：斯坦福cDNA文件格式（* .pc...
IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据
IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器，支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式，如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。 新版的Window...
应用SPSS进行重复测量数据分析
重复测量设计，即对一组或多组受试对象，在k个(k≥2)不同的时间点上，从每个人体(或样本)上重复观测同一个指标的具体取值的设计。如临床研究中，需要观察患者在不同时间的某些生理、生化或病理指标的变化趋势...
MTD(mammalian transcriptomic database)：哺乳动物动态转录本数据库
MTD（http://mtd.cbi.ac.cn）是今年初发表在Brings in Bioinformatics上的哺乳动物动态转录本数据库（http://bib.oxfordjournals.org...
不同生物信息数据格式0，1起始
生物信息学很大一部分数据是基于基因组坐标的格式，由于坐标的0，1起始和区间开闭的区别，曾经给我造成了很大的困扰。 0，1起始的定义 格式对应表
SPSS:数据正态性检验
在统计分析之前，我们往往需要考虑数据是否符合正态分布，因为不同分布的数据采用的统计描述和统计推断的方法都不一样。 下面我们来看一下SPSS软件是如何进行正态性检验的。 SPSS检查数据是否正态有两...
2016年成都生物大数据的分析挖掘及基因组高通量测序上机实操班
各有关单位: 随着新一代高通量测序技术的快速发展，在准确度大大提高的前提下, 进一步降低测序成本。由此不断产生出巨量的分子生物学数据，这些数据有着数量巨大、关系复杂，以至于不利用计算机根本无法实现数据...