MTD(mammalian transcriptomic database):哺乳动物动态转录本数据库

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所属分类:Transcriptomics

MTD(http://mtd.cbi.ac.cn)是今年初发表在Brings in Bioinformatics上的哺乳动物动态转录本数据库(http://bib.oxfordjournals.org/content/early/2016/01/27/bib.bbv117.abstract),该数据库从1612个样本中筛选得到254组正常组织或细胞的哺乳动物RNA-seq数据,包含了人、猪、大鼠、小鼠四个物种,分别覆盖了31,13,14,44个正常组织或细胞。对数据进行预处理,比对,转录本拼接,为保证数据的质量,每个过程选择的参数都十分谨慎,并初步界定了在所有已有的数据量达到饱和的组织或细胞系中有表达的基因作为看家基因,并界定了都有表达的转录本作为看家转录本。

该数据库主要功能如下:

1、从染色体任意区域或染色体条带来浏览染色体各区段的reads覆盖信息

MTD(mammalian transcriptomic database):哺乳动物动态转录本数据库

点击Browse后会得到以下信息:基因位点及RPKM值、表达情况:

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2、直接嵌入基因组浏览器gbrowse供用户自助搜索和导出可视化搜索结果

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3、以生物学通路为单位从功能层面上对参与同一通路的基因集合在用户感兴趣的组织中的表达量进行搜索

MTD(mammalian transcriptomic database):哺乳动物动态转录本数据库

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用户可以进行排序,得知在该通路中表达量高或低的基因。

4、特征提取功能

因不同学者对看家基因的观点不一样,例如合理的阈值难以确定,认为在所有组织中恒定表达的基因才是看家基因等,基于这些可能的观点的不同,数据库提供了用不同的阈值和位置信息,对基因进行筛选。

MTD(mammalian transcriptomic database):哺乳动物动态转录本数据库

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对于鉴定出的所有转录本,数据库依据每条转录本的转录特征和位置特征给予唯一ID,并提供了转录本特征提取页面,用户可以根据转录方向,发生的可变剪切事件,是否为看家转录本等信息对感兴趣的转录本进行检索。

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对于数据库所有检索得到的结果都提供了可下载的tab分割的表格。

5、分析页面

数据库提供了物种内各组织间转录组表达情况的比较分析,以及物种间直系同源基因在生理上等价的组织中的转录组表达情况的比较分析。

MTD(mammalian transcriptomic database):哺乳动物动态转录本数据库

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用户可以从基因、转录本、外显子三个层次进行深入考察。数据库在显示方面采用了图文结合的方式,便于用户深入理解,对于每个外显子的剪切方式,数据库也提供了详细的描述和解释。数据库提供各看家基因在特一物种的所有组织的表达量的概况图和物种间直系同源基因在可比较组织中的表达量的概况图,以给予用户总体的印象,对于局部组织,数据库也提供了具体的考察角度。

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