SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式

  • A+
所属分类:Bioinformatics

一,下载该软件

wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz

tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

解压直接使用即可,里面有一大堆的软件,针对不同的测序仪,不同的数据

SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式448

我一般只用/home/jmzeng/down_software/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump

/home/jmzeng/down_software/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump –split-3 SRR1793917.sra

二:下载数据

首先去NCBI里面搜索并找到你想要的数据的SRA地址,然后写脚本批量下载。

SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式826

如果文献里面的SRA号,那么可以直接打开NCBI里面的搜索界面下载

如果文献里面是SRP号,那么该SRP会涉及到好几个SRA数据,得一个个开网站下载

三:用命令解压数据

下载之后的数据是

SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式1008

非常简单的命令,就可以把当前文件夹下的所有sra都解压开来!

for i in *sra
do
echo $i
/home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 $i
done

解压的同时它也会显示每个SRA文件的数据量

SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式1064

 

四:结果文件解读

SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式1235

可以看到,每个SRA文件都产生了两个reads,分别是左右两端测序,说明这个SRA文件是双端测序策略。

随便打开一个fastq文件可以看到,它的读长是300bp

SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式1479

原文来自:http://www.bio-info-trainee.com/338.html

avatar

发表评论

:?: :razz: :sad: :evil: :!: :smile: :oops: :grin: :eek: :shock: :???: :cool: :lol: :mad: :twisted: :roll: :wink: :idea: :arrow: :neutral: :cry: :mrgreen: