NCBI的taxid简单介绍

  • A+
所属分类:Bioinformatics

物种的信息集合都在它的NCBI的taxid号里面,在NCBI里面关于它的英文介绍地址如下 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/ ,NCBI人为的给自然界所有的物种都给了一个编号,这个编号就是taxid,是根据计算机里面树这种数据结构来编码的,其中人类的编号是 9606,7227是果蝇,我们只需要进入这个物种的taxid里面就能看的关于它的一切NCBI存在并且收集好的信息。

NCBI的taxid简单介绍288

 

可以看到NCBI到2015年为止已经收录近50万的物种的基因。

我们可以进入人类的9606这个ID里面进去看看

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/?term=9606[uid]

NCBI的taxid简单介绍468

可以看出,人类这个并不是最底层的taxid类别,下面还有两个分类

关于人类这个物种的信息是非常多的

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=9606&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock

NCBI的taxid简单介绍758

但是它下面的两个亚种人,就比较少的信息。

关于这个taxid的资料还有很多 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/

其中我们可以下载 wget  ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz 这个文件,解压可以看到里面有以下文件,其中比较重要的两个文件

nodes.dmp 这个文件列出了taxid的树的结构信息,子节点,父节点等等

names.dmp 这个文件里面列出了每个独特的taxid对应着的物种名

其它信息不重要,自己看咯

gencode.dmp

———–

Genetic codes file:

 

genetic code id — GenBank genetic code id

abbreviation — genetic code name abbreviation

name — genetic code name

cde — translation table for this genetic code

starts — start codons for this genetic code

 

delnodes.dmp

————

Deleted nodes (nodes that existed but were deleted) file field:

 

tax_id — deleted node id

 

merged.dmp

———-

Merged nodes file fields:

 

old_tax_id                              — id of nodes which has been merged

new_tax_id                              — id of nodes which is result of merging

 

citations.dmp

————-

Citations file fields:

 

cit_id — the unique id of citation

cit_key — citation key

pubmed_id — unique id in PubMed database (0 if not in PubMed)

medline_id — unique id in MedLine database (0 if not in MedLine)

url — URL associated with citation

text — any text (usually article name and authors)

— The following characters are escaped in this text by a backslash:

— newline (appear as “\n”),

— tab character (“\t”),

— double quotes (‘\”‘),

— backslash character (“\\”).

taxid_list — list of node ids separated by a single space

原文来自:http://www.bio-info-trainee.com/84.html

avatar

发表评论

:?: :razz: :sad: :evil: :!: :smile: :oops: :grin: :eek: :shock: :???: :cool: :lol: :mad: :twisted: :roll: :wink: :idea: :arrow: :neutral: :cry: :mrgreen: