BioinformaticsNCBI的taxid简单介绍 物种的信息集合都在它的NCBI的taxid号里面,在NCBI里面关于它的英文介绍地址如下 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/ ,NCBI人为的给自然... 08月14日13,291评论NCBI taxid 阅读全文
BioinformaticsSRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology I... 06月11日3,571评论NCBI SRA 阅读全文
BioinformaticsGEO数据上传操作指南 科研工作者在发表paper的时候,如果文章中涉及高通量测序数据分析,就需要提前向NCBI上传数据获得登录号。然而,如何向NCBI提交这些序列?今天就来介绍一种重要的NCBI数据库GEO,它可用于存储测... 04月23日599评论GEO NCBI 阅读全文
BioinformaticsNCBI SRA数据库使用详解 做为一个合格的生物信息菜鸟,没钱测序咋整,免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始!今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA。 1、简介 SRA(Sequen... 02月11日14,7681 NCBI SRA 阅读全文
BioinformaticsNCBI的基因entrez ID相关文件介绍 地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/ 里面主要有以下几个文件 我这里主要介绍gene2ensembl,gene2accession, gene2pubmed... 08月14日9,209评论NCBI 阅读全文
Bioinformatics上传基因组数据到NCBI 1、创建 BioProject 号和 BioSample 号 对某一个物种进行了基因组测序,则申请 BioProject 和 BioSample 号各一个。 2、使用 tbl2asn 准备后缀为 .s... 06月26日27,131评论NCBI 提交数据 阅读全文
Genomicslinux下用Aspera从NCBI上下载SRA格式宏基因组数据 1、首先安装Aspera 参考《使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据》,保证该软件在服务器上已经可用。 测试代码,注意最后有个点,代表下载到当前目录下: ascp -i /your-p... 02月16日13,0771 NCBI 宏基因组 阅读全文
BioinformaticsCOBALT:NCBI在线蛋白多序列比对 COBALT is a multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived... 01月26日31,472评论NCBI 序列比对 阅读全文
Bioinformatics如何向NCBI提交序列(在线提交法) 这里将要介绍的是如何向NCBI数据库直接提交你的DNA或RNA序列,结合本人的实际设计操作经验来给大家一个简单便捷的方法。因为我本人也是最近摸索出来的经验总结,希望对打算提交序列的同学有所指导帮助。 ... 03月01日81,1401 NCBI 提交序列 阅读全文
BioinformaticsBLAST+:NCBI新的一套BLAST工具 BLAST+与BLAST比较 BLAST已经成为序列比对软件代名词,且其词性也已经开始变化,诸如BLASTing之类的词汇在各种论文中已是屡见不鲜,可见其影响之深,使用之广,如同分子生物学领域中的PC... 10月13日6,447评论BLAST NCBI 阅读全文