Formatdb 命令行参数详解

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所属分类:Bioinformatics

 

formatdb -  得到 formatdb  所有的参数显示(见附录二)和介绍,它可以根据我们的想法把源数据库格式化.

主要参数的说明:

-i  输入需要格式化的源数据库名称  Optional

-p  文件类型,是核苷酸序列数据库,还是蛋白质序列数据库

T – protein                    F - nucleotide                 [T/F] Optional default = T

-a  输入数据库的格式是 ASN.1(否则是 FASTA)

T - True,                        F - False.                      [T/F] Optional default = F

-o  解析选项

T - True:  解析序列标识并且建立目录

F - False:  与上相反

[T/F] Optional                    default = F

命令示例:

formatdb -i ecoli.nt -p F -o T

运行此命令就会在当前目录下产生用于 BLAST 搜索的 7 个文件,一旦如上的 formatdb 命令执行完毕,就不再需要ecoli.nt,可以移除。此时,blastall 可以直接使用。

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