Bioinformaticsblast进行重复序列屏蔽 1. 构建数据库的时候屏蔽参考序列的重复 segmasker 屏蔽氨基酸的低复杂序列 dustmasker 屏蔽核算序列的低复杂序列 windowmasker 按照序列重复的次数来屏蔽 convert... 05月17日3,700评论BLAST 阅读全文
BioinformaticsBLAST的参数与使用方法详细介绍 写这篇文章之前,我发现其实PLoB上已经有不少文章介绍blast的使用了,读者可以点击这里查看所有blast相关的文章。今天在网上看到一篇关于BLAST使用的介绍。我认为这是目前为止介绍BLAST参数... 11月20日8,116评论BLAST 参数 阅读全文
BioinformaticsBLAST+:NCBI新的一套BLAST工具 BLAST+与BLAST比较 BLAST已经成为序列比对软件代名词,且其词性也已经开始变化,诸如BLASTing之类的词汇在各种论文中已是屡见不鲜,可见其影响之深,使用之广,如同分子生物学领域中的PC... 10月13日6,664评论BLAST NCBI 阅读全文
Bioinformatics3.序列比对和数据库搜索(生物信息学教程系列) 生物信息学教程系列 第三章 3 序列比对和数据库搜索 比较是科学研究中最常见的方法,通过将研究对象相互比较来寻找对象可能具备的特性。在生物信息学研究中,比对是最常用和最经典的研究手段。 最常见的比对是... 09月30日8,3211 序列比对 生物信息 阅读全文
GenomicsOrthoMCL使用详解 1.Orthomcl是用来干嘛的? 我们都知道,我们在注释完一些基因组后,会拿到大量的蛋白,而这些蛋白,孤零零的放在那,你不觉得别扭吗?除了常规的pfam、interpro做完了,再做点什么呢?聚个类... 06月12日13,4064BLAST perl 阅读全文
BioinformaticsmpiBlast的安装和使用 之前一直在用NCBI新的blast+,速度不错。但是blast的线程是内存空享的,即只能单节点运算。手头能使用的计算资源只能达到单节点16 threads。动辄上万条的对比实在是太慢了。遂萌生用mpi... 06月04日3,6151 BLAST mpiblast 阅读全文
BioinformaticsBLAST常见错误原因解析 常见问题 1.运行formatdb时报下列错误: [formatdb] ERROR: 1.seq.nhrOutput Blast-def-line-set.E.<title> Invali... 04月21日5,999评论BLAST 阅读全文
BioinformaticsBLAST+的使用 BLAST+与BLAST相比,有很多改进和提高,NCBI强烈推荐放弃BLAST,使用BLAST+, 这里说的BLAST和BLAST+,都是本地的。BLAST下载地址:NCBI BLAST+ (ftp:... 03月16日7,5911 BLAST NCBI 阅读全文
GenomicsBlast2GO使用方法详解(命令界面) 第一步:利用BLAST作比对 下载NCBI的nr数据库 NCBI的nr数据库一般可以从ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ 下载,里面nr库有两种格式,一种是原始的nr蛋白... 12月20日21,3763BLAST NCBI 阅读全文
BioinformaticsNCBI在线BLAST使用方法与结果详解 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLA... 12月02日107,4693BLAST NCBI 阅读全文