BLAST常见错误原因解析

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所属分类:Bioinformatics

常见问题

1.运行formatdb时报下列错误:

[formatdb] ERROR: 1.seq.nhrOutput

Blast-def-line-set.E.<title>

Invalid value(s) [9] in VisibleString [seq1#ss ...]

这种情况通常是subject序列的标题行中含有非法字符,比如Tab。

 

2.运行blastall时报下列警告:

[blastall] WARNING: seq1: Could not find index files for database sub.seq

出现这种问题通常是没有做formatdb建库或者建的库不符合比对类型要求,需要重新建库。尤其注意tblastx的建库应该使用核酸库。

 

3.运行blastall时报下列警告和错误:

[blastall] WARNING:  [000.000]  seq1: SetUpBlastSearch failed.

[blastall] ERROR:  [000.000]  seq1: BLASTSetUpSearch: Unable to calculate Karlin-Altschul params, check query sequence

[blastall] ERROR:  [000.000]  seq1: BLASTSetUpSearch: Unable to calculate Karlin-Altschul params, check query sequence

这种情况多出在reads等短序列的比对中,某一个query序列的有效长度是0,则会导致这个错误。但是这个错误不会影响到其他query序列的正常比对,通常情况下可以忽略。

 

4.运行blastall时报下列警告并退出:

[blastall] WARNING:  [000.000]  seq1: Unable to open BLOSUM62

[blastall] WARNING:  [000.000]  seq1: BlastScoreBlkMatFill returned non-zero status

[blastall] WARNING:  [000.000]  seq1: SetUpBlastSearch failed.

这是因为做蛋白相关比对的时候目录下没有蛋白比对矩阵BLOSUM62。

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