常见问题
1．运行formatdb时报下列错误：
[formatdb] ERROR: 1.seq.nhrOutput
Blast-def-line-set.E.<title>
Invalid value(s) [9] in VisibleString [seq1#ss ...]
这种情况通常是subject序列的标题行中含有非法字符，比如Tab。
2．运行blastall时报下列警告：
[blastall] WARNING: seq1: Could not find index files for database sub.seq
出现这种问题通常是没有做formatdb建库或者建的库不符合比对类型要求，需要重新建库。尤其注意tblastx的建库应该使用核酸库。
3．运行blastall时报下列警告和错误：
[blastall] WARNING:
[000.000] seq1: SetUpBlastSearch failed. [blastall] ERROR:
[000.000] seq1: BLASTSetUpSearch: Unable to calculate Karlin-Altschul params, check query sequence [blastall] ERROR:
[000.000] seq1: BLASTSetUpSearch: Unable to calculate Karlin-Altschul params, check query sequence
这种情况多出在reads等短序列的比对中，某一个query序列的有效长度是0，则会导致这个错误。但是这个错误不会影响到其他query序列的正常比对，通常情况下可以忽略。
4．运行blastall时报下列警告并退出：
[blastall] WARNING:
[000.000] seq1: Unable to open BLOSUM62 [blastall] WARNING:
[000.000] seq1: BlastScoreBlkMatFill returned non-zero status [blastall] WARNING:
[000.000] seq1: SetUpBlastSearch failed.
这是因为做蛋白相关比对的时候目录下没有蛋白比对矩阵BLOSUM62。