案例描述：
需要将Sample_test1_R1.fastq.gz和Sample_test2_R2.fastq.gz合并为test.fastq.gz
操作方法1：
先zcat再gzip
zcat Sample_test_1.R1.fastq.gz Sample_test_2.R2.fastq.gz | gzip - > test.fastq.gz
操作方法2：
直接cat
cat Sample_test_1.R1.fastq.gz Sample_test_2.R2.fastq.gz > test2.fastq.gz
结果对比
压缩文件大小
ll test*.gz
-rw-r–r– 1 An Lau 197121 1321311 6月 13 10:14 test.fastq.gz -rw-r–r– 1 An Lau 197121 1321742 6月 13 10:15 test2.fastq.gz
解压缩文件大小
gzip -cd test.fastq.gz > test.fastq
gzip -cd test2.fastq.gz > test2.fastq
ll test *.fastq
-rw-r–r– 1 An Lau 197121 7195186 6月 13 10:16 test.fastq -rw-r–r– 1 An Lau 197121 7195186 6月 13 10:16 test2.fastq
对比文件内容
zcat Sample_test_1.R1.fastq.gz Sample_test_2.R2.fastq.gz | wc
80000 100000 7195186
wc test*.fastq
80000 100000 7195186 test.fastq 80000 100000 7195186 test2.fastq 160000 200000 14390372 total
总结
虽然压缩文件大小不一样，应该是压缩率不同导致的，
但是不同方法出来的文件大小和内容都是一样的。
直接cat的速度肯定会比zcat … | gzip …快！
所有以后直接cat就可以了。