Evoview:进化树的装饰与美化

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所属分类:Evolution

在之前的Evolview系列文章已为大家介绍过进化树与条形图、点图、热图以及蛋白结构域组合绘制,今天重点介绍进化树的装饰以及按簇进行分组美化。比如,学习绘制Evolview最美的一个展示案例(showcase 04),如下图:

Evoview:进化树的装饰与美化

下面开始为大家介绍如何装饰美化圣诞树...呸,进化树

数据准备

为了与上图不一样,这里使用Evolview 的showcase02的原始进化树, 将案例2的进化树导出为Newick格式,方法如下,你可以另存为拓展名为”nwk”的文本文件或者直接将进化树描述数据复制到剪贴板。

Evoview:进化树的装饰与美化

接下来,在Basic选项卡下,点第一个按钮上传进化树,工程名称这里为lianxi5,进化树名称为circle,你可以选择打开刚才保存的”.nwk”(如下图)或这把刚才复制的数据粘贴到Data出,点Submit按钮即可完成上传。

Evoview:进化树的装饰与美化

导入后的进化树(共100条序列)是这样子的:

Evoview:进化树的装饰与美化

进化树的美化

首先,在Annotation upload选项下,单击第4个按钮(如下图)为序列标签(树叶)添加背景色。

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颜色注释数据很简单:“序列标签+制表符分隔+颜色“,用Excel准备最简单,如下图,选择两列数据部分,粘贴到Date区然后点Submit按钮即可。文字颜色的修改也可用类似的方法,这里不做展开。

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接下来单击添加形状按钮,如下图,在标签后添加各种形状,用于强调或装饰。

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同样,也用Excel准备数据。这里添加3列“小图形“,type分别是circle、star和strip(条状),对应颜色用英文逗号分隔,如果想添加图形的轮廓颜色,在冒号“:”后添加即可,如下图,PlotWidth用于设置添加图形的(宽度)大小。

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接着,将数据粘贴到Data区,然后点Submit按钮即可完成添加。

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由于有100条序列,整个进化树非常长,这里在Basic选项下转成环形的进化树,方法如下图。

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最后通过Export菜单(如下图)导出所需格式的图片。

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最终的效果如下图:

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进化树的分组

常见的进化树按簇分组的方法是给分支着色,注释文件分为3列,格式为“分支或分支范围+颜色+ad”,“ad”表示当前范围所以有子分支,如下:

NC_013790 red ad

NZ_GG774892,NZ_ABZV01000054 blue ad

GQ354955,FJ470435red ad

着色的效果是这样的:

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当然,Evolview提供专门的分组注释功能,比这个要好看的多。如下图所示,和预览图一样,可同时实现多种分组样式(共有5种style)共存的分组效果。单击该按钮,我们添加分组注释。

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注释数据如下:

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第一行为整体的格式设置(默认设置),包括着色样式(style),默认着色颜色(color),着色区域间隙(marginPCT),字体的大小,颜色,方向(textorientation=horizontal或vertical)等,下面的数据为每个簇的自定义设置,前部分为“序列分组范围”,bkcolor为背景颜色,text为分组标签内容。注释效果(Style=2)的如下:

Evoview:进化树的装饰与美化

同样的方法,我这里再添加2组分组样式,如下图。其中,”style=4”未显示分组标签是因为在注释中删掉了,”style=1”文字方向设为垂直(textorientation= vertical)。

Evoview:进化树的装饰与美化

如果不喜欢这个配色,自己可以到千图网 (http://www.58pic.com/peise/)

找一个喜欢的配色,比如下图的这个配色比较符合这个季节:

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由于颜色较深,我们可以把文字的颜色改为白色,也可以添加个点状图(方法见上篇文章)作点缀,如下图。点蓝色的“↑”“↓”箭头和选择是否显示,可改变“层”的位置,实现不同的组合效果。

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最终的效果如下图:

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