如何绘制“松针”状的进化树

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所属分类:Evolution

在一些高分文章中,我们经常会看到一些非常漂亮的进化树,而进化树的美化往往离不开一些进化树编辑可视化工具。比如下图这篇NC文章的进化树就是由MEGA构建,之后用一款叫FigTree的小工具美化的。

 

如何绘制“松针”状的进化树

(Naturecommunications, 2018)

 

FigTree是一款小巧的系统发生树可视化软件,可生成发表级质量的图片。

进化树准备

首先,打开用MEGA构建的进化树,通过File/ExportCurrent Tree(Newick) ,如下图,在弹出的文本编辑格式转化窗口点保存按钮,将MEGA构建的进化树(mts格式)转为Newick格式。

如何绘制“松针”状的进化树

关于Newick格式(Newick tree format),在1984年出现在首个进化树构建软件(PHYLIP)上。它是一种主要用圆括号和逗号表示分支关系,数字表示分支长度的进化树表示方法。

这里简单的举个例子,希望大家对进化树的表示方法有更进一步的理解。例如,下图的进化树用Newick格式可表示为:

 

(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F

如何绘制“松针”状的进化树

(Wikipedia)

 

Newick格式适用于多种进化树美化工具,比如高大上的在线工具ITOL,它可以作为一种兼容性很强的“桥梁”格式。

 

进化树美化

首先,点FigTree v1.4.3.exe打开软件,通过File/Open打开进化树,方法如下图,关于示例数据,软件包里自带两个拓展名为”.tree”的两个文件可供大家练习,MEGA导出的Newick格式为“.nwk”。

如何绘制“松针”状的进化树

接下来改变树的形状,将进化树由Rectangular tree 转换为Radial tree,如下图。

如何绘制“松针”状的进化树

接下来,取消掉序列标签和标尺的显示,为了美观,可以对“树枝形状”进行进一步的标准化处理,点开trees选项卡,勾选Transform branches,这里的变换方法选cladogram,如下图。

如何绘制“松针”状的进化树

 

接下来,将鼠标的选择模式由Node改为Clade,然后选择不同的“簇”进行着色,方法如下图。

如何绘制“松针”状的进化树

当然,你也可以“分支“的粗细进行调整,如下图。

 

如何绘制“松针”状的进化树

图片的导出

 

调整好了之后,可通过File/Save进行下保存,重新打开之后你可以接着上次继续调整。当然,你也可以导出为其他格式的“树“,如下图。

 

如何绘制“松针”状的进化树

得到想要的效果之后,你就可以导出图片,FigTree支持PDF和SVG两种矢量图格式。保存成这两种格式之后,可在Illustrator(Ai)中做更多个性化的调整。

如何绘制“松针”状的进化树

 

最终,导出的效果如下图:

如何绘制“松针”状的进化树

参考资料

Williams G D,Townsend D, Wylie K M, et al. Nucleotide resolution mapping of influenza Avirus nucleoprotein-RNA interactions reveals RNA features required forreplication[J]. Nature communications, 2018, 9(1): 465.

https://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format

http://www.evolgenius.info/evolview/#mytrees/SHOWCASES/showcase%2002

http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/

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