上一篇《进化树+条形图：“组合图”的绘制》介绍了如何通过改变标尺来改变进化树分支长度和进化树的注释，相信大家对进化树与其他类型图表的组合有了一定的了解，局限于微信公众号的篇幅，其实还有好多东西没有讲到。这次以与热图的组合为例，在内容上做些补充。
如果没看过上一篇内容的小伙伴建议大家先看上一篇的内容。今天详细介绍数据的整理与如何利用自带demo快速获取“注释文件”。
数据准备
进化树的准备见《进化树+条形图：“组合图”的绘制》，这次用同样的数据，关键需要准备热图的数据矩阵。
数据准备难度其实也不大，你可以直接那上次的数据作图，只不过为了热图颜色过度比较平滑，需缩小数据间的差异，这里就需要标准化。
这里使用Log2和Z-score两种方法分别对数据进行标准化，用Excel进行计算，计算公式（以A1单元格的数据为例）分别为=ROUND(LOG(A1,2),0) 和 =ROUND((A1-AVERAGE($A1:$D1))/STDEV.P($A1:$D1),2)，如下图。
之后使用 & 符号将数据和逗号“粘连“在一起，生成以逗号分隔的数据，例如A1~D1的”粘连“公式为=A1&","&B1&","&C1&","&D1，如下图。
数据只需要行名和以逗号分隔的数据就可以了，列数较少的话可在“注释文件“中手动添加。
进化树的注释
首先，在Basic选项下，载入从MEGA中导出的Newick树，方法参见《进化树+条形图：“组合图”的绘制》，这里仍以上次的lianxi2工程文件为例（注册账号后工程文件可反复使用）。
然后点DEMOS，查看EvolView自带的添加热图的示例文件，我们然后将“注释代码“复制到剪贴板，如下图，你也可以复制到记事本、Notepad++等文本编辑器中进行编辑，保存。
然后，新建一个热图注释文件，将刚才复制的“代码”粘贴到data区，如下图。
接下来需要对这些“代码 “做些修改，如下图。
具体要修改的部分如下，这里用绿色标记，紫色为注释说明。
#heatmap #图例标题 !titlelog2RPKM !showLegends 1 #设置热图每个格子的边框，可以不用管 #!defaultStrokeColor gold #!defaultStrokeWidth 2 #设置渐变颜色和“刻度”数值 !colorgradient blue,white,yellow !colorgradientMarkLabel 0,3,6,9,12 #设置列标签的字体大小、颜色、角度等，这里不执行 # -- heatmap columnlabels -- !showHeatMapColumnLabel 1 !heatmapColumnLabels N-GD1,N-GD2,N-GD3,N-GD4 #!columLabelStyleshow=1,fontsize=20,fontitalic=0,fontbold=1,textangle=60,fontcolor=red #设置格子的空隙、宽度，圆角半径 # -- heatmap -- !heatmap margin=2,colwidth=30,roundedcorner=2 #热图是否显示数据数值，show=0隐藏； # -- show data value !showdataValue show=1,fontsize=12,fontitalic=0,textalign=start AKI70249.1 9,10,9,9 ARH02602.1 7,7,7,7 OWK14909.1 6,6,6,5 ASU47379.1 3,3,3,3 AEX20383.1 6,6,5,5 AAH84064.1 3,3,3,3 ……
绘制的效果如下：
接下来把下面的数据替换为Z-score标准化后的数据，更改渐变条的刻度，隐藏数据，即可得到下图的样式，可见两种标准化的方法显示效果的差异还是很大的。
细节调整与导出
点“铅笔“图标，可对热图的注释文件进行反复编辑，进而达到精细调整。
比如改变一下热图的渐变颜色，如这里把yellow 改为red，效果如下。
最后通过Export菜单（如下图）导出所需格式的图片，这里导出PDF格式的矢量图，点链接下载图片。
