图解核苷酸替代模型的选择 – MrMTgui 篇

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所属分类:Evolution

【絮语】

在进行系统发育分析过程中,建树序列的进化模型选择是至关重要的一步,尤其对进化模型敏感的ML法和BI法,更是重中之重。对于一些新手而言,经常使用默认参数而忽略了这一关键步骤,从而导致建树结果的不理想。为此,特以图解方式介绍模型选择简要流程,以飨有需要的初学者。
【必备工具】

PAUP、MrMTgui、ModelTest (or MrModelTest) ,相关工具可以网上搜索下载。如果无法下载,请移步到网盘下载:http://raindy.ys168.com/

【简要流程】

Run PAUP-> Save scores->Select file..->MrModelTest

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

1、配置MrMTgui

将预备的相关软件安装完毕即可配置MrMTgui,分别设置PAUP、ModelTest和MrModelTest路径,如下图所示:

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

2、运行 PAUP

运行PAUP,选择待选择模型的文件,如:本例的mafftCP.nex 为MAFFT软件比对后的建树文件,选定后,PAUP自动开始计算各模型的参数值:

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

3、保存Scores

当模型参数值计算完毕,程序会提示是否立即启动分析,建议选择“否”,先保存该scores文件。

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

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4、模型选择
本例以 MrModelTest 为演示(ModetTest 类似,只是可选用的模型为48种,而MrModelTest只有常见的24种),在运行MrModelTest前,先选择前一步骤保存的Scores文件,选定完毕即可运行MrModelTest,数秒后就会有模型设置参数生成。

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

MrModelTest运行结束后,有两个标准,一个是hLRTs,另一个是AIC标准,如下图所示

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

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5、添加模块
得到的模型参数,可以添加到建树的文件 *.nex中,如:用PAUP建ML树,可以将AIC标准下的参数值添加到nex文件的PAUP模块内,如下图所示:

图解核苷酸替代模型的选择 - MrMTgui 篇

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当然,如果你是用MEGA等建树,可以将相关的参数值复制出来,并在MEGA建树修改对应的参数。

原文引自:http://user.qzone.qq.com/58001704/2?ptlang=2052

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