用phyML对多重比对phy文件来构建进化树

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所属分类:Evolution

本来还没这么快写进化专题的,但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件,看看能否生成树,我就试用了一下phyml这个软件,挺简单的。

一、下载并安装该软件

这是一个很简单的软件,我们直接下载它的二进制程序就可以直接使用啦,官网里面的压缩包里面有各种平台的二进制程序,我这里用linux64的。

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip
unzip PhyML-3.1.zip

用phyML对多重比对phy文件来构建进化树

二.准备文件

它需要的phy格式的多重比对结果文件,一般是clustalW或者muscle比对的结果

用phyML对多重比对phy文件来构建进化树

可以看到是53个蛋白,多重比对后的公共序列长度是325个氨基酸。

三.命令

./PhyML-3.1_linux64   -i test.phy  -d aa   -b 1000   -m LG   -f m -v e -a e -o tlr

这些参数在运行的时候都会显示出来

用phyML对多重比对phy文件来构建进化树

具体解释见: 使用 PhyML 构建进化树

四,输出文件

这个时间会很久,大家有心里准备!!!总共会输出四个文件,

test.phy_phyml_tree.txt        :    最大似然法构建的进化树

test.phy_phyml_boot_stats.txt  :    bootstrap 的统计信息

test.phy_phyml_boot_trees.txt  :    bootstrap 树

test.phy_phyml_stats.txt       :    程序运行的中的参数和结果统计

 

然后我们的那个test.phy_phyml_tree.txt  就可以用figtree等软件画图啦!!!

原文来自:http://www.bio-info-trainee.com/626.html

ybzhao

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