在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表达分析的时候，经常听说生物学重复和技术重复，这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。 首先利用一张示意图对二者做一个简单介绍： 使用同一个抽提的RNA...
生物学重复与技术重复
阅读全文
各种PCR介绍
PCR可以说是目前分子生物学实验中应用最为广泛的一种技术。从最初的在几个水浴锅里把试管放来放去，到现在各种先进的PCR仪， 到REAL TIME PCR。 设备是越来越先进，方法是越来越多，但基本的原...
PacBio Sequences的HDF5格式
HDF5 is a data format designed by National Center for Supercomputing Applications at UIUC to rapidly...
什么是selective sweep？
最近看到的几篇涉及进化的文章里面都提到selective sweep，特地对这个词进行了了解，搜到了一些资料与大家分享一下。 先贴上维基百科上的介绍： A selective sweep is the...
Pacific Bio Sequences
Pacific bio sequences fall at other extreme from Illumina Solexa data. The reads are very long (~5kB...
直系同源与旁系同源
Homologous sequences. Orthologs and Paralogs are two types of homologous sequences. Orthology descri...
高通量测序技术相关的名词解释
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变...
基因组拼接中常见的名词解释
Read：高通量测序平台产生的序列就称为reads。 Contig：拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。 Scaffold：基因组de novo测序...
GFF格式说明
gff格式是Sanger研究所定义，是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式，比如序列的那里到那里是基因，已经成为序列注释的通用格式，比如基因组的基因预测，许多...
高度重复序列简介
高度重复序列在基因组中重复频率高，可达百万(106)以上，因此复性速度很快。在基因组中所占比例随种属而异，约占10-60%，在人基因组中约占20%。高度重复顺序又按其结构特点分为三种。 （1）倒位（反...