什么是高通量测序？ 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定...
高通量测序领域常用名词解释
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两列样本的差异基因筛选
两列样本数据的差异基因筛选方法：FoldChange法+FDR控制 其中，FDR值的计算方法如下： 1）对每个基因进行p-value的计算 假设观测到基因A对应的reads数为x，已知在一个大文库中，...
外显子组测序
外显子（exon）是真核生物基因的一部分，包含着合成蛋白质所需要的信息。全部外显子，称为“外显子组”（Exome）。外显子组测序（Exome sequencing）是指利用序列捕获技术将全基因组外显子...
何为假设性检验？
准备再尝试一下，用大白话叙述一遍统计推断中最基础的东西（假设检验、P值、……），算是把这段时间的阅读和思考做个梳理（东西不难，思考侧重在如何表述和展示）。这次打算用一种“迂回的”表达方式，比如，本文从...
P-value:一个注脚
在上一篇文章里面简要介绍了p值的由来、计算和意义，这篇文章刚再次谈谈p-value。 P值就是当原假设为真时，比所得到的样本观察结果更极端的结果出现的概率。 The P-value is the pr...
说说大家经常见到的p值
在论坛，经常发现有人发关于P值的帖子，搜索了一下，一共有29个关于P值的帖子。的确，P值是最常用的一个统计学指标，几乎统计软件输出结果都有P值。了解P值的由来、计算和意义很有必要。 一、P值的由来 R...
箱线图（boxplot）介绍
箱线图（Boxplot）也称箱须图（Box-whisker Plot），是利用数据中的五个统计量：最小值、第一四分位数、中位数、第三四分位数与最大值来描述数据的一种方法。它也可以粗略地看出数据是否具有...
SAM格式
SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件，不同的时期，不同...
内含子有什么用?
作者：牛登科 三十年前问这个问题？你得到的答复是内含子没什么用，属于垃圾DNA或者说分子水平的寄生虫。 但是后来，一个又一个基因的可变剪接现象被发现。尤其是人类基因组测序完成后，人类基因组中没有发现原...
操纵子有什么用?
作者：牛登科 学过生物学的人可能都知道乳糖操纵子。在大肠杆菌基因组中，乳糖分解、运输的三个基因连在一起，由前端共同的Promoter区域调节三个基因的表达。这三个基因，就像俗话中一根绳上的蚂蚱。操纵子...