GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。
依次是：
1. reference sequence：参照序列
指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。可以有多个参照序列。
2. source ：来源
注释的来源。如果未知，则用点（.）代替。
3. type ：类型
属性的类型。建议使用符合SO惯例的名称（sequence ontology，参看[[Sequence Ontology Project]]) ,如gene，repeat_region，exon，CDS等。
4. start position ：起点
属性对应片段的起点。从1开始计数。
5. end position ：终点
属性对应片段的终点。一般比起点的数值要大。
6. score ：得分
对于一些可以量化的属性，可以在此设置一个数值以表示程度的不同。如果为空，用点（.）代替。
7. strand ：链
“＋”表示正链，“－”表示负链，“.”表示不需要指定正负链。
8. phase ：步进
对于编码蛋白质的CDS来说，本列指定下一个密码子开始的位置。可以是0，1或2，表示到达下一个密码子需要跳过的碱基个数。对于其它属性，则用点（.）代替。
9. attributes ：属性
一个包含众多属性的列表。格式为“标签＝值”（tag=value）。不同属性之间以分号相隔。可以存在空格，不过若有“,=;”则用URL转义（URL escaping rule），同时TAB也需要转换为“%09”表示。
下列的标签已定义：
ID ：指定一个唯一的标识。对属性分类是非常好用（例如查找一个转录单位中所以的外显子）。
Name ：指定属性的名称。展示给用户的就是该属性。
Alias：名称的代称或其它。当存在其它名称时使用该属性。
Note：描述性的一些说明。
Alias和Note可以有多个值，不同值之间以逗号分隔。
如：Alias=M19211,gna-12,GAMMA-GLOBULIN