之前小编在蛋白质定量—MaxQuant软件的使用这篇文章中分享了Maxquant软件的使用方法。分析完成后会产生很多的结果文件，第一次使用的同学可能会很困惑，这里再给大家介绍一下如何查看其结果文件。
结果解读
1.如果参数中路径没有额外设置，那么在原始数据同级目录下会得到搜库结果：
其中，mqpar.xml是所有参数配置文件，若二次搜库，可直接导入MaxQuant中，无需重复设置。所以，一般建议保留下来，这样也可对结果的设置进行追溯。
2.combined文件夹包含了搜库结果，如果是DIA建库，导入的即是这个文件夹。
其中proc文件夹下的#runningTimes.txt文件，记录了每一步运行的时间。
3.蛋白质鉴定和定量的全部结果都位于txt文件夹下。
其中msms.txt、peptides.txt、proteinGroups.txt分别为谱图、肽段和蛋白结果文件。另外summary.txt文件记录了所有原始数据文件的总体信息；evidence.txt文件记录了已鉴定肽段的所有信息。每个文件的列数（表头）都很多，就不一一列举了，需详细了解的同学可自行查阅结果中tables.pdf文件，所有文件都有详细解释。