蛋白质定量-Maxquant软件输出结果说明

来源:omicsclass
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之前小编在蛋白质定量—MaxQuant软件的使用这篇文章中分享了Maxquant软件的使用方法。分析完成后会产生很多的结果文件,第一次使用的同学可能会很困惑,这里再给大家介绍一下如何查看其结果文件。

结果解读

1.如果参数中路径没有额外设置,那么在原始数据同级目录下会得到搜库结果:

蛋白质定量-Maxquant软件输出结果说明
其中,mqpar.xml是所有参数配置文件,若二次搜库,可直接导入MaxQuant中,无需重复设置。所以,一般建议保留下来,这样也可对结果的设置进行追溯。
2.combined文件夹包含了搜库结果,如果是DIA建库,导入的即是这个文件夹。

蛋白质定量-Maxquant软件输出结果说明
其中proc文件夹下的#runningTimes.txt文件,记录了每一步运行的时间。

蛋白质定量-Maxquant软件输出结果说明
3.蛋白质鉴定和定量的全部结果都位于txt文件夹下。

蛋白质定量-Maxquant软件输出结果说明
其中msms.txt、peptides.txt、proteinGroups.txt分别为谱图、肽段和蛋白结果文件。另外summary.txt文件记录了所有原始数据文件的总体信息;evidence.txt文件记录了已鉴定肽段的所有信息。每个文件的列数(表头)都很多,就不一一列举了,需详细了解的同学可自行查阅结果中tables.pdf文件,所有文件都有详细解释。

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