蛋白质定量—MaxQuant软件的使用

来源:omicsclass
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简介

MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一,目前认可度相对较高,可针对多种质谱数据。拥有自己的肽段搜索引擎- Andromeda。对于碰撞诱导离解(CID)、高能碰撞离解(HCD)和电子转移离解(ETD)所产生的串联光谱可以很容易地用MaxQuant进行分析。

使用

1.打开maxquant界面

蛋白质定量—MaxQuant软件的使用

6大参数配置模块,大部分默认就可以,较重要模块介绍如下:

  • 原始数据:导入原始数据和设计实验,包括组分和样本,Group(指不同的实验,如label/SILAC同时进行即为2个Group0和Group1,一般跑一个就可以);
  • 组特定参数:Group参数的设置,一般只是Group0;
  • 性能:显示正在运行的具体步骤和动态;
  • 可视化:数据可视化模块, 能在labelfree定量中呈现三维图形。视情况可不设置;
  • 组态:用于配置修饰、酶,以及数据库ID规则设置等,一般无额外需求,无需设置。

2.导入原始数据“Load”:将.raw文件直接导入软件,根据样本选择“No fractions”或者”Set fractions”。

蛋白质定量—MaxQuant软件的使用

3.设置组特定参数Type 中设置使用的标记技术。

蛋白质定量—MaxQuant软件的使用

4.设置全局参数
Sequences 中添加物种蛋白质序列文件。设置Taxonomy ID,输入物种拉丁文名称即可得到。

蛋白质定量—MaxQuant软件的使用

5.点击开始,启动运行。

 

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