扩增子分析QIIME2 简介和安装 Bioinformatics

扩增子分析QIIME2 简介和安装

声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读...
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Co-occurrence网络图在R中的实现 Bioinformatics

Co-occurrence网络图在R中的实现

作者:陈亮 单位:中科院微生物所, 编辑: 刘永鑫 编者按:上个月菌群月坛,在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验,不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识,更使我手上一个关于菌根的课题有极大的...
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R语言学习 - 线图绘制 Bioinformatics

R语言学习 – 线图绘制

线图 线图是反映趋势变化的一种方式,其输入数据一般也是一个矩阵。 单线图 假设有这么一个矩阵,第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域,第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度,想绘制一张线图展...
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ChIP-seq的Input(对照) Bioinformatics

ChIP-seq的Input(对照)

关于对照 说到实验设计就不得不提到对照。从小老师教育我们,没有对照组的实验是不完整的,或者说就没有任何意义。所有的生化湿实验都很讲究完整的正对照和负对照。当然,下面的实验我都没做过。。。 蛋白相关实验...
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被忽视的Samtools参数 Bioinformatics

被忽视的Samtools参数

Samtools是一个用于操作序列比对结果sam和bam文件的工具合集。 sam文件格式 SAM格式由两部分组成:头部区和比对区,都以tab分列。 头部区:以’@’开始,体现了比对的一些总体信息。比对...
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