首先我们通过下图从整体上了解下Circos的工作流程，其中核心的是config配置文件，它决定了Circos的每一圈读入什么样的数据，并且决定它们以什么方式展示，是柱状图还是散点图，也包括颜色、字体等...

一、PCA简介 1. 相关背景 上完陈恩红老师的《机器学习与知识发现》和季海波老师的《矩阵代数》两门课之后，颇有体会。最近在做主成分分析和奇异值分解方面的项目，所以记录一下心得体会。 在许多领域的研究...

GOplot 包通过封装好的函数可视化基因功能分析结果 #1. 安装 > install.packages('GOplot') #2. GOplot 内置数据 ##2.1 脑和心脏内皮细胞的转录...

GOplotGOplotGOplot GOplot使用了zscore概念，其并不是指Z-score标准化，而是用于表示参与某个GO Term下基因的上下调情况，公式：$zscore=\frac{(up...

Pileup format is first used by Tony Cox and Zemin Ning at the Sanger Institute. It desribes the base...

生物信息学很大一部分数据是基于基因组坐标的格式，由于坐标的0，1起始和区间开闭的区别，曾经给我造成了很大的困扰。 0，1起始的定义 格式对应表

Cytoscape 的核心是网络，简单的网络图包括节点（node）和边（edge），每个节点可以是基因、miNRA或OTU等等；节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用，包括蛋...

做完microRNA芯片测序之后预测microRNA的靶基因，筛选重要的靶基因进行验证是研究中的常见套路，做出结果后写到文章Result里大致如下。 如果我是审稿人，看到这么干巴巴的一段话肯定心情烦躁...

cufflinks套装有很多，我们主要使用的只有三个 Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件 cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的，也没啥子用，主要是测...

概述 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或...