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使用PHI-base数据库进行致病基因分析
1. PHI-base数据库简介 PHI-base数据库从文献中收集经过实验验证了的致病基因和效应基因的序列。目前（20190411）数据库版本为4.6版本，从3011篇文献中收集了263种致病菌（细...
SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法
NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology I...
利用Homer进行motif分析–从实战到原理
一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的配置 # 下载配置文件 w...
最权威人类HLA专题数据库：IPD-IMGT/HLA数据库使用指南
01 IPD-IMGT/HLA数据库简介 MHC是所有有颌脊椎动物基因组中的一个区域，编码免疫系统的核心成分。在人类中，它编码HLA。在HLA领域内，术语“等位基因”指的是点突变、插入和删失的组合，因...
使用FGAP进行补洞
1. FGAP简介 FGAP利用BLAST将contigs序列比对到基因组草图序列上，寻找重叠到gap区间的最优序列，从而进行补洞。其参考文献：Piro, Vitor C., et al. “FGAP...
使用 GCE 进行基因组大小评估
1. GCE 简介 GCE(Genome Characteristics Estimation) 是华大基因用于基因组评估的软件，其参考文献为：Estimation of genomic charac...
通过WIG格式将转录组数据展示到Gbrowse2中
1. WIG格式介绍 WIG格式(Wiggle Track Format)，可用于将转录组数据进行可视化展示。bigWig格式则是WIG格式的二进制方式，可以使用wigToBigWig将WIG格式转换...
blast进行重复序列屏蔽
1. 构建数据库的时候屏蔽参考序列的重复 segmasker 屏蔽氨基酸的低复杂序列 dustmasker 屏蔽核算序列的低复杂序列 windowmasker 按照序列重复的次数来屏蔽 convert...
FPKM/RPKM之外的那些标准化方法
目录 1. 标准化 1.1. House-keeping gene(s) 1.2. spike-in 1.3. CPM 1.4. TCS 1.5. Quantile 1.6. Median of Ra...