使用SAMR对蛋白组数据表达量进行差异分析

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所属分类:Bioinformatics

1. SAMR简介

SAM(Significance Analysis of Microarrays)在基因芯片数据时代中被开发出来进行基因表达量差异分析。该算法也能用于进行RNA-Seq数据的基因表达量差异分析,但貌似较少人会用它进行RNA-Seq数据分析。

最近在一篇对蛋白组数据差异分析软件进行比较的文章中,SAM结果表现最优。本文对基于R软件的SAM算法软件SAMR的使用进行简单讲述。

2. SAMR软件的安装和启动

打开R软件,输入如下命令安装SAMR相关的包:

要注意的是,对openxlsx包的安装可能会失败(我使用的是R-3.2.0版本),则在上述命令中去除对openxlsx的安装,选择手动下载并安装老版本的openxlsx包:

启动SAMR软件:

启动SAMR软件,则会自动打开CentOS 6.8系统自带的火狐浏览器,进入软件的网页界面。

3. SARM软件使用

3.1 输入文件准备

软件的输入文件必须是xlsx格式的EXCEL文件。进行蛋白组表达量数据进行分析,其文件内容要求如下:

3.2 在网页中进行SAMR操作

按如下步骤进行操作:

4. SARM 软件算法和原理

这个比较复杂,我也不怎么搞懂,包括结果中一些Delta, Score(d), q-value, FDR, localfdr等,有点糊涂。等以后有时间搞更明白了,再添加解释。

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