从零开始学CIRCOS绘制圈图(五)

来源:徐洲更
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这一部分承接从零开始学CIRCOS绘制圈图(四),对之前的布局进行调整,使结构更加适合于发表。

染色体的位置顺序

默认情况下是会显示所有的染色体,而且会先从ath1到ath5,然后从aly1到aly8, 那么如何调整顺序呢?

需要设置的参数是chromosomes_order, 按照自己的需求调整位置。

chromosomes_order = aly8,aly7,aly6,aly5,aly4,aly3,aly2,aly1

虽然circos提供了一些快捷操作,比如说-,$,^, 但是远不如直接输入直观。

反转染色体的坐标顺序

默认都是从0到最大值,可以通过正则匹配的方式,将aly的染色体改成从最大值到0

chromosomes_reverse = /aly/

调整染色体缩放

为了让两个物种的基因组能够占Circos的两边,需要设置缩放。

chromosomes_scale = /aly/=0.5rn,/ath/=0.5rn

/aly/=0.5rn表示aly的所有染色体总共占据50%的空间

定义染色体的间隔

控制的是不同染色体之间间隔的空隙大小,比如说下面的参数表示所有染色体之间的间隔是0.005r。

default = 0.005r

我们设置某些染色体之间的距离大一些,比如说两个物种的起始染色体和两个物种的终止染色体

<spacing>
default = 1u

  <pairwise aly1 ath1>
   spacing = 10u
  </pairwise>
  
  <pairwise aly8 ath5>
   spacing = 10u
  </pairwise>
  
</spacing>

调整起始位置

默认情况下,ath1从-90度位置开始,由于设置了aly1和ath1之间的空隙为10u,于是看起来就不对称了。为了让结果图能够对错,需要调整角度。

angle_offset* = -85

最终效果

从零开始学CIRCOS绘制圈图(五)

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